|
|
|
||
Last update: Lankaš Filip doc. Ing. Ph.D. (28.06.2016)
|
|
||
Last update: Lankaš Filip doc. Ing. Ph.D. (28.06.2016)
Students will:
|
|
||
Last update: Lankaš Filip doc. Ing. Ph.D. (28.06.2016)
R: T. Schlick, Molecular Modeling and Simulation, Springer 2002 A: D. Frenkel, B. Smit, Understanding Molecular Simulation, Academic Press 2002 A: J. Šponer, F. Lankaš (eds.), Computational Studies of RNA and DNA, Springer 2006 |
|
||
Last update: Lankaš Filip doc. Ing. Ph.D. (28.06.2016)
Online materials for the course |
|
||
Last update: Lankaš Filip doc. Ing. Ph.D. (28.06.2016)
Zápočet: aktivní účast na přednáškách a cvičeních Zkouška: ústní |
|
||
Last update: Lankaš Filip doc. Ing. Ph.D. (28.06.2016)
1. Introduction. Length and time scales in biomolecular modelling 2. Probability 3. Random variables 4. Characteristics of random variables 5. Probability distribution 6. Normal distribution 7. Stochastic processes 8. Langevin equation 9. Brownian motion 10. Brownian dynamics simulations 11. Application I: Diffusion-controlled protein-ligand binding 12. Application II: Dynamics of nucleosomes and of the chromatin fibre 13. Application III: Movement and interactions of biomolecules in the cell |
|
||
Last update: Lankaš Filip doc. Ing. Ph.D. (28.06.2016)
Essential bioinformatics, Molecular modelling |
Teaching methods | ||||
Activity | Credits | Hours | ||
Účast na přednáškách | 1 | 28 | ||
Příprava na přednášky, semináře, laboratoře, exkurzi nebo praxi | 1 | 28 | ||
Příprava na zkoušku a její absolvování | 2 | 56 | ||
4 / 4 | 112 / 112 |
Coursework assessment | |
Form | Significance |
Regular attendance | 30 |
Oral examination | 70 |