Praktikum z bioinformatiky I - M143010
Anglický název: Practical Classes in Bioinformatics I
Zajišťuje: Ústav informatiky a chemie (143)
Platnost: od 2019
Semestr: zimní
Body: zimní s.:2
E-Kredity: zimní s.:2
Způsob provedení zkoušky: zimní s.:
Rozsah, examinace: zimní s.:0/2 KZ [hodiny/týden]
Počet míst: neurčen / neomezen (neurčen)
Minimální obsazenost: neomezen
Jazyk výuky: čeština
Způsob výuky: prezenční
Úroveň:  
Pro druh: navazující magisterské
Poznámka: předmět je možno zapsat mimo plán
povolen pro zápis po webu
Garant: Znamenáček Jiří Ing.
Termíny zkoušek   
Anotace -
Poslední úprava: Znamenáček Jiří Ing. (22.02.2018)
Úkolem předmětu je prakticky si vyzkoušet dostupné bioinformatické nástroje a prohloubit své programátorské schopnosti na poli bioinformatiky. Používaným programovacím jazykem je Python.
Výstupy studia předmětu -
Poslední úprava: Znamenáček Jiří Ing. (22.02.2018)

Studenti budou umět:

Používat běžně dostupné nástroje k řešení základních bioinformatických problémů.

Rozumět principu nejdůležitějších programátorských postupů používaných v bioinformatice.

Vyřešit základní bioinformatické problémy pomocí programovacího jazyka Python.

Literatura -
Poslední úprava: Svozil Daniel doc. Mgr. Ph.D. (05.11.2018)

Z: Mareš, Martin; Valla, Tomáš: "Průvodce labyrintem algoritmů". CZ.NIC, 2017. ISBN 978-80-88168-22-5

Z: Pilgrim, Mark: "Ponořme se do Python(u) 3". CZ.NIC, 2011. ISBN 978-80-904248-2-1

Z: Zvárová J., Biomedicínská informatika V.- Metody molekulární biologie a bioinformatiky, Karolinum, 2013, ISBN: 9788024621500

Z: Jones, Neil C.; Pevzner, Pavel A.: "An Introduction to Bioinformatics Algorithms". The MIT Press, 2004. ISBN 978-0262101066

D: Wróblewski, Piotr: "Algoritmy". Computer Press, 2017. ISBN 978-80-251-4126

D: Libeskind-Hadas, Ran; Bush, Eliot: "Computing for Biologists: Python Programming and Principles". Cambridge University Press, 2014. ISBN 978-1107642188

D: Antao, Tiago: "Bioinformatics with Python Cookbook". Packt Publishing, 2015. ISBN 978-1782175117

D: Bassi, Sebastian: "Python for Bioinformatics". Chapman and Hall/CRC, 2009. ISBN 978-1584889298

D: Compeau, Phillip; Pevzner, Pavel: "Bioinformatics Algorithms: An Active Learning Approach". Active Learning Publishers, 2014. ISBN 978-0990374602

D: Stevens, Tim J.; Boucher, Wayne: "Python Programming for Biology: Bioinformatics and Beyond". Cambridge University Press, 2015. ISBN 978-0521720090

D: Haddock, Steven H.D.; Dunn, Casey W.: "Practical Computing for Biologists". Sinauer Associates, 2010. ISBN 978-0878933914

Studijní opory -
Poslední úprava: Znamenáček Jiří Ing. (14.02.2018)

webové stránky předmětu na http://vyuka.ookami.cz

Požadavky ke kontrole studia -
Poslední úprava: Znamenáček Jiří Ing. (14.02.2018)

Klasifikovaný zápočet: domácí úkoly

Sylabus -
Poslední úprava: Znamenáček Jiří Ing. (15.02.2018)

1-2. Hlavní bioinformatické formáty.

3-4. Náročnost algoritmů I. Rekurze a memoizace. Dynamické programování.

5-7. Jednoduché zarovnávání sekvencí.

8-9. Vícenásobné zarovnávání sekvencí.

10-12. Markovovy řetězce a modely. Skryté Markovovy modely.

13-14. Vyhledávání vzorů.

Studijní prerekvizity -
Poslední úprava: Znamenáček Jiří Ing. (22.02.2018)

Předpokládá se znalost základů bioinformatiky a programování v jazyce Python.

Podmínky zakončení předmětu -
Poslední úprava: Znamenáček Jiří Ing. (14.02.2018)

Studenti získají klasifikovaný zápočet za vyřešení domácích úkolů.

Zátěž studenta
Činnost Kredity Hodiny
Příprava na přednášky, semináře, laboratoře, exkurzi nebo praxi 1 28
Účast na seminářích 1 28
2 / 2 56 / 56
Hodnocení studenta
Forma Váha
Aktivní účast na výuce 20
Domácí příprava na výuku 80