Bioinformatické zpracování dat - M320079
|
|
|
|
|
||
|
Cílem předmětu je seznámit studenty se základy strojového zpracování experimentálních dat menšího až středního rozsahu. Důraz je kladen na zpracování hrubých dat, jejich transformace a export nebo jejich vizualizace.
Cílem předmětu je seznámit studenty se základy zpracování experimentálních dat menšího až středního rozsahu. Důraz je kladen na zpracování hrubých dat, jejich transformaci a export nebo jejich vizualizaci. Studenti budou pracovat převážně v jazyce R, přičemž využijí především ekosystém Tidyverse. Seznámí se také se základy práce v shellu (bash) a se službou GitHub pro správu verzí a sdílení kódu. Poslední úprava: Strejček Michal (28.05.2025)
|
|
||
|
Účast na přednáškách je doporučená, není však kontrolována. Poslední úprava: Strejček Michal (28.05.2025)
|
|
||
|
Z: R for Data Science: Import, Tidy, Transform, Visualize, and Model Data. Hadley Wickham, Mine Çetinkaya-Rundel, Garrett Grolemund. 2023, 2nd Edition, O'Reilly Media. ISBN 1492097403. Z: Advanced R. Hadley Wickham. 2019, 2nd Edition, O'Reilly Media. ISBN 0815384572. Poslední úprava: Strejček Michal (28.05.2025)
|
|
||
|
Předmět je zakončen vypracováním samostatného projektu Poslední úprava: Lipovová Petra (09.08.2023)
|
|
||
|
1. Problematika práce s daty 2.-3. Rstudio IDE, základy jazyka R 4.-6. Tidyverse – transformace dat 7.-9. Tidyverse – vizualizace data 10. Práce s textovými řetězci (Stringr, regulární výrazy) 11.-12. Základy administrace systému Linux 13. Vzdálený přístup a instalace softwarových nástrojů (Anaconda, Pip, GitHub) 14. Konzultace projektu Poslední úprava: Lipovová Petra (13.07.2023)
|
|
||
|
Studenti si osvojí základy práce v linuxovém prostředí a základy zpracování a vizualizace dat v prostředí R s důrazem na koncept „tidy data“ a systém Tidyverse. Poslední úprava: Strejček Michal (21.06.2023)
|
