Bioinformatické zpracování dat - M320079
Anglický název: Bioinformatic Data Processing
Zajišťuje: Ústav biochemie a mikrobiologie (320)
Fakulta: Fakulta potravinářské a biochemické technologie
Platnost: od 2025
Semestr: zimní
Body: zimní s.:4
E-Kredity: zimní s.:4
Způsob provedení zkoušky: zimní s.:
Rozsah, examinace: zimní s.:1/2, Z+Zk [HT]
Počet míst: neomezen / neomezen (neurčen)
Minimální obsazenost: neomezen
Kompetence: Odbornost, Mezioborovost, Nástroje, Samostatnost, Vyjadřování
Stav předmětu: vyučován
Jazyk výuky: čeština
Způsob výuky: prezenční
Úroveň:  
Poznámka: předmět je možno zapsat mimo plán
povolen pro zápis po webu
Garant: Strejček Michal Ing. Ph.D.
Termíny zkoušek   
Anotace -
Cílem předmětu je seznámit studenty se základy strojového zpracování experimentálních dat menšího až středního rozsahu. Důraz je kladen na zpracování hrubých dat, jejich transformace a export nebo jejich vizualizace. Cílem předmětu je seznámit studenty se základy zpracování experimentálních dat menšího až středního rozsahu. Důraz je kladen na zpracování hrubých dat, jejich transformaci a export nebo jejich vizualizaci. Studenti budou pracovat převážně v jazyce R, přičemž využijí především ekosystém Tidyverse. Seznámí se také se základy práce v shellu (bash) a se službou GitHub pro správu verzí a sdílení kódu.
Poslední úprava: Strejček Michal (28.05.2025)
Podmínky zakončení předmětu (Další požadavky na studenta) -

Účast na přednáškách je doporučená, není však kontrolována.

Poslední úprava: Strejček Michal (28.05.2025)
Literatura -

Doporučená:

  • Wickham, Hadley, Çetinkaya-Rundel, Mine, Grolemund, Garrett. R for data science, import, tidy, transform, visualize, and model data. : , , xxiii, 548 stran s. ISBN 978-1-4920-9740-2.
  • Wickham, Hadley. Advanced R. : , , s. ISBN 978-1-4665-8696-3.

Poslední úprava: Strejček Michal (28.05.2025)
Požadavky ke zkoušce (Forma způsobu ověření studijních výsledků) -

Předmět je zakončen vypracováním samostatného projektu

Poslední úprava: Lipovová Petra (09.08.2023)
Sylabus -

1. Problematika práce s daty

2.-3. Rstudio IDE, základy jazyka R

4.-6. Tidyverse – transformace dat

7.-9. Tidyverse – vizualizace data

10. Práce s textovými řetězci (Stringr, regulární výrazy)

11.-12. Základy administrace systému Linux

13. Vzdálený přístup a instalace softwarových nástrojů (Anaconda, Pip, GitHub)

14. Konzultace projektu

Poslední úprava: Lipovová Petra (13.07.2023)
Výsledky učení -

Studenti si osvojí základy práce v linuxovém prostředí a základy zpracování a vizualizace dat v prostředí R s důrazem na koncept „tidy data“ a systém Tidyverse.

Poslední úprava: Strejček Michal (21.06.2023)