Studenti budou schopni:

• orientace v algoritmech pro sekvenční a strukturní bioinformatiku

• vývoje vlastních bioinforamtických algoritmů

• vývoje modifikací stávajících state-of-the-art bioinformatických algoritmů

Students will be able to:

Have insights into algorithms for sequential and structure bioinformatics

Develop their own bioinformatics algorithms

Modify existing state-of-the-art bioinformatics algorithms

Z: Zvelebil, M., Baum J.: Understanding Bioinformatics, Garland Science; 1 edition, 2007, 0815340249

Z: Durbin, R., et al.: Biological Sequence Analysis: Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids, Cambridge University Press, 1998, 0521629713

D: Mount, D.W.: Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis, Second Edition, Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2004, 0879696087

D: Gusfield, D.: Algorithms on Strings, Trees and Sequences - Computer Science and Computational Biology, Cambridge University Press, 1997, 0521585198

D: Jones, N.C., Pevzner, P.A.: An Introduction to Bioinformatics Algorithms, The MIT Press, 2004, 0262101068

R: Zvelebil, M., Baum J.: Understanding Bioinformatics, Garland Science; 1 edition, 2007, 0815340249

R: Durbin, R., et al.: Biological Sequence Analysis: Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids, Cambridge University Press, 1998, 0521629713

A: Mount, D.W.: Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis, Second Edition, Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2004, 0879696087

A: Gusfield, D.: Algorithms on Strings, Trees and Sequences - Computer Science and Computational Biology, Cambridge University Press, 1997, 0521585198

A: Jones, N.C., Pevzner, P.A.: An Introduction to Bioinformatics Algorithms, The MIT Press, 2004, 0262101068

Žádné.

None.

Na konci semestru studenti skládají písemnou zkoušku.

1. Úvod. Existující nukleotidové a proteinové databáze.

2. Dynamické programování.

3. Sekvenční podobnost DNA a RNA.

4. Sekvenční podobnost proteinů.

5. Vyhledávání motivů v DNA.

6. Vícenásobná sekvenční podobnost.

7. Fylogenetické stromy.

8. Efektivní vyhledávání v databázích DNA, RNA a proteinových sekvencí.

9. Algoritmy pro hmotnostní spektrometrii.

10. Algoritmy pro podobnost proteinových struktur I.

11. Algoritmy pro podobnost proteinových struktur II.

12. Algoritmy pro podobnost RNA struktur.

13. Predikce RNA struktury.

14. Predikce proteinové struktury.

1. Introduction. Existind nuclotide and protein databases.

2. Dynamic programming.

3. DNA and RNA sequence similarity.

4. Protein sequence similarity.

5. DNA motif search.

6. Multiple sequence similarity.

7. Phylogenetic trees.

8. Effective similarity search in DNA, RNA and protein sequence databases.

9. RNA structure similarity algorithms.

10. Mass spectrometry algorithms.

11. Protein structure similarity algorithms I.

12. Protein structure similarity algorithms II.

13. RNA structure prediction.

14. Protein structure prediction.

žádné

none