|
|
|
||
Poslední úprava: ROZ143 (09.07.2013)
|
|
||
Poslední úprava: ROZ143 (10.06.2013)
Studenti budou umět:
|
|
||
Poslední úprava: ROZ143 (02.08.2013)
Z: Bergman N. H. (Ed.), Comparative Genomics (Volume 1 and Volume 2), Humana Press Inc. 2007, ISBN: 978-158829-693-1, 978-193411-537-4 Z: Rodriguez-Ezpeleta N., Hackenberg M., Aransay A. M. (Eds.), Bioinformatics for High Throughput Sequencing, Springer Science 2012, ISBN: 978-1-4614-0781-2 D: Janitz M. (Ed.), Next-Generation Genome Sequencing: Towards Personalized Medicine, Wiley-VCH 2008, 978-3-527-32090-5 D: Brown S. M. (Ed.), Next-Generation DNA Sequencing Informatics, Cold Spring Harbor Laboratory Press 2012, ISBN: 978-1-936113-87-3 |
|
||
Poslední úprava: ROZ143 (02.08.2013)
žádné |
|
||
Poslední úprava: ROZ143 (10.06.2013)
Zápočet: praktický projekt Zkouška: písemný test |
|
||
Poslední úprava: ROZ143 (02.08.2013)
1. Úvod do genomiky a sekvenování: Historický přehled. Základní pojmy. 2. Sekvenační techniky: Sanger metoda. NGS - Illumina, SOLID, 454 a další. Popis základních aplikací. Porovnání jednotlivých technik. 3. Sekvenační data: Vizualizace - EnsEMBL, UCSC Browser, Artemis, ACT, Mummer, Circos. Base-calling a kontrola kvality sekvencí. Datové formáty. 4. Skládání DNA sekvencí (I): Mapování sekvencí na referenční genom. De novo skládání dlouhých sekvencí - newbler, mira. De novo skládání krátkých sekvencí (De Bruijn) - WGS, velvet, soap2, AbySS. 5. Skládání DNA sekvencí (II): Sekvenační projekty, sekvenace plnodélkové cDNA, tvorba scaffoldu. Software - Staden, AMOS, Consed. 6. Anotace genomu: Predikce genových modelů. Identifikace nekodující RNA. Identifikace proteinových domén. Funkční anotace. Databázové zdroje. Anotační systémy. 7. Detekce sekvenčních variant: identifikace SNP, indel, translokace, inverze, CNV. 8. Analýza interakce protein - nukleová kyselina: ChIP-seq - interakce protein s DNA. CLIP-seq - interakce protein s RNA. 9. Diferenční exprese (I): RNA-seq. Mapování sekvencí. Měření genové exprese. Normalizace, sumarizace a diferenční exprese. Identifikace transkripčních variant - alternativní sestřih. Experimentální design. 10. Diferenční exprese (II): Expresní profilování mikro RNA. Identifikace nových mikro RNA. 11. Epigenomika: Analýza celogenomových methylačních map. 12. Metagenomika: anotace genů a rekonstrukce metabolismu - MG-RAST. Amplikonové sekvenování (16S rDNA) a analýza taxonomických jednotek. 13. Komparativní genomika: Mezidruhové porovnání genomů. 14. Genomické projekty a WWW software: ENCODE. Paleogenomika. Sekvenační projekty. WWW nástroje - Galaxy, GMOD, Gbrowser, BioCycle, RAST, EnsEMBL API. Personalizovaná medicína. |
|
||
Poslední úprava: ROZ143 (02.08.2013)
Biochemie, Molekulární genetika |
Zátěž studenta | ||||
Činnost | Kredity | Hodiny | ||
Obhajoba individuálního projektu | 0.5 | 14 | ||
Účast na přednáškách | 1 | 28 | ||
Příprava na přednášky, semináře, laboratoře, exkurzi nebo praxi | 1 | 28 | ||
Práce na individuálním projektu | 0.5 | 14 | ||
Příprava na zkoušku a její absolvování | 1 | 28 | ||
4 / 4 | 112 / 112 |
Hodnocení studenta | |
Forma | Váha |
Obhajoba individuálního projektu | 30 |
Zkouškový test | 70 |