|
|
|
||
Poslední úprava: Hrabal Richard prof. Ing. CSc. (15.11.2012)
|
|
||
Poslední úprava: Fialová Jana (11.06.2013)
Studenti budou umět: získají přehled o moderních instrumentálních metodách a způsobu jejich využití v praxi, seznámí se se stručnými základy těchto metod, konkrétně: Výpočetní metody: visualizace biomolekul a jejich manipulace, metody molekulové dynamiky a práce s databázemi. NMR: základy NMR spektroskopie a využití metody pro řešení prostorových struktur proteinů, oligonukleotidů.., mapování jejich vzájemných interakcí a další využití metody pro studium fyzikálně-chemických vlastností biologicky aktivních látek EM: základní charakteristiky a principy elektronové mikroskopie a mikroskopie skenující sondou, včetně teoretické přípravy vzorků a analýzy získaných dat RTG: příprava krystalů, fyzikální základy metody, technologie řešení struktur biomolekul HS: základy hmotnostní spektrometrie, přehled metod a jejich využítí pro studium biomolekul |
|
||
Poslední úprava: Fialová Jana (11.06.2013)
Výukové texty pro celý předmět jsou na webové stránce: Z: http://www.vscht.cz/nmr/mol_model_bioinfo/ D: Karlík M., Úvod do transmisní elektronové mikroskopie, ČVUT Praha, 2011, 978-80-01-04729-3 |
|
||
Poslední úprava: Hrabal Richard prof. Ing. CSc. (15.11.2012)
Výpočetní metody: http://web.vscht.cz/spiwokv/modelovani/ EM: http://www.paru.cas.cz/lem/book/index.html NMR: http://en.wikipedia.org/wiki/Nuclear_magnetic_resonance |
|
||
Poslední úprava: Hrabal Richard prof. Ing. CSc. (15.11.2012)
1. Strukturní databáze a jejich využití, porovnávání jednotlivých struktur mezi sebou, molekulární elektrostatika 2. Predikce struktur proteinů, docking, virtuální screening 3. Molekulová mechanika, QM/MM, simulace molekulové dynamiky, problém vzorkování, sbalování proteinů 4. Základy spektroskopie nukleární magnetické resonance (NMR), chemický posun, interakční konstanta, součásti moderního NMR spektrometru 5. Postup při řešení struktur biomolekul, využití NMR pro studium komplexů 6. Konkrétní příklady řešení struktur, dynamiky a studia interakcí molekul 7. Základy struktur proteinů, úvod do rentgenové krystalografie, Krystaly makromolekul a jejich příprava 8. Teorie difrakce, sběr difrakčních dat, řešení prostorové struktury biomolekul, fázový problém 9. Výstavba modelu, upřesňování, validace, práce s modely 10. Principy a techniky elektronové mikroskopie (transmisní (TEM) a skenovací elektronová mikroskopie (SEM), praktické ukázky využití v biologických vědách 11. Mikroskopie skenující sondou (mikroskopie atomárních sil (AFM), skenovací tunelovací mikroskopie (STM), praktické ukázky 12. Úvod do hmotnostní spektrometrie peptidů a proteinů, ionizační techniky, hmotnostní analyzátory, fragmentační techniky 13. Aplikace MS v biologických vědách (určení molekulové hmotnosti, identifikace proteinu, sekvenční analýza peptidů, konformační analýza peptidů a proteinů, studium interakcí) 14. Konkrétní příklady využítí technik hmotnostní spektrometrie.
|
|
||
Poslední úprava: Hrabal Richard prof. Ing. CSc. (15.11.2012)
Studenti by měli mít základní znalosti z matematiky, fyziky a chemie, konkrétně biochemie a instrumentální analýzy. |