|
|
|
||
Poslední úprava: Matějka Pavel prof. Dr. RNDr. (16.06.2019)
|
|
||
Poslední úprava: Pátková Vlasta (08.06.2018)
Studenti budou:
|
|
||
Poslední úprava: Pátková Vlasta (08.06.2018)
I. Nezbeda, J. Kolafa a M. Kotrla: Úvod do počítačových simulací. Metody Monte Carlo a molekulární dynamiky, skriptum University Karlovy (Karolinum, Praha 1998, 2003); D. Frenkel a B. Smit: Understanding Molecular Simulation (Academic Press, 1996, 2002); M. P. Allen a D. J. Tildesley: Computer Simulation of Liquids (Clarendon Press, Oxford 1986, 2002); http://www.vscht.cz/fch/cz/pomucky/kolafa/molsim.pdf |
|
||
Poslední úprava: Pátková Vlasta (08.06.2018)
http://old.vscht.cz/fch/cz/pomucky/kolafa/N403027.html |
|
||
Poslední úprava: Pátková Vlasta (08.06.2018)
1. Úvod - k čemu jsou simulace dobré? 2. Opakování statistické termodynamiky a méně obvyklé soubory (izobarický). 3. Atomistické a mřížkové modely. Silové pole. 4. Molekulová dynamika: Verletova metoda, leap-frog. Základy Hamiltonovy mechaniky, zákony zachování. Symplekticita. 5. Další integrátory (Gear, multiple timestep). Termostaty v MD. 6. Metody Monte Carlo - MC integrace, Metropolisova metoda. Náhodná čísla. 7. Metodika simulací a měření veličin, statistické chyby, okrajové podmínky. 8. Strukturní veličiny: radiální distribuční funkce, strukturní faktor. 9. Entropické veličiny: termodynamická integrace, neboltzmannovské vzorkování, integrace střední síly, Widomova metoda. 10. Dosah potenciálu, korekce. Coulombovy síly: Ewaldova sumace, metoda reakčního pole. 11. Další soubory: izobarický, grandkanonický, Gibbsův. Další stupně volnosti v MD: Nosé-Hoover, barostat. 12. Další MC metody: preferenční vzorkování, molekuly, polymery. Dynamika s vazbami (SHAKE). Optimalizace simulací. 13. Brownovská (Langevinovská) dynamika a DPD. Kinetické veličiny: EMD vs. NEMD. 14. Optimalizace: Simulované žíhání, genetické algoritmy. |
|
||
Poslední úprava: Pátková Vlasta (08.06.2018)
Dobrá znalost chemické a statistické termodynamiky, základní znalost teoretické mechaniky |
|
||
Poslední úprava: Kolafa Jiří prof. RNDr. CSc. (20.08.2018)
N403023 Statistická termodynamika, molekulové modelování a simulace |