Studenti budou umět:

• Chápat fyzikálně chemické principy nekovalentních interakcí.

• Znát kategorie interakcí biomolekul.

• Ovládat a rozumět základním statistickým a výpočetním nástrojům pro zpracování interakcí biomolekul.

• Zvládat základní koncepty tvorby a fungování fenomenologických potenciálů.

• Predikovat interakce mezi biomolekulami.

Students will be able to:

• Understand physico-chemical principles of noncovalent interactions.

• Know categories of biomolecular interactions.

• Understand basic statistical and computational tools for working with biomolecular interactions.

• Master basic concepts of phenomenological potentials.

• Predict interactions between biomolecules.

Z: Jin Xiong, Essential Bioinformatics, Cambridge University Press 2006, ISBN: 978-0-521-60082-8

Z: Peter Schuck (ed.), Protein Interactions, Springer 2007, ISBN: 0-387-35965-6

R: Jin Xiong, Essential Bioinformatics, Cambridge University Press 2006, ISBN: 978-0-521-60082-8

R: Peter Schuck (ed.), Protein Interactions, Springer 2007, ISBN: 0-387-35965-6

žádné

none

1. Interakce biomolekul - základní koncepty

2. Kvarterní struktura proteinů a její modelování

3. Interakce proteinů a nukleových kyselin

4. Energetická interakční hyperplocha a její konstrukce

5. Dokovací algoritmy I - principy

6. Dokovací algoritmy II - přehled

7. Dokovací protokoly

8. CAPRI

9. Protein Structure Initiative a výpočetní proteomika

10. Návrh protein-protein interakcí

11. Cílené zvýšení afinity biomolekul

12. Racionální návrhy regulace specificity

13. Interactome

14. Konstrucke interakčních sítí

1. Biomolecular interactions - basic concepts

2. Quaternary structure of proteins and its modelling.

3. Interactions between proteins and nucleic acids.

4. Potential energy surface and its construction.

5. Docking algorithms I - principles.

6. Docking algorithms I - oveview of common approaches.

7. Docking protocols.

8. CAPRI.

9. Protein Structure Initiative and computational proteomics.

10. Design of protein-protein interactions.

11. Targeted increase of biomolecular affinity.

12. Rational design of the specificity regulation.

13. Interactome

14. Interaction networks and their construction.

Biochemie

Biochemistry