|
|
|
||
Poslední úprava: Hrabal Richard prof. Ing. CSc. (20.10.2015)
|
|
||
Poslední úprava: Hrabal Richard prof. Ing. CSc. (20.10.2015)
Studenti budou umět: Výpočetní metody: visualizace biomolekul a jejich manipulace, metody molekulové dynamiky a práce s databázemi. NMR: základy NMR spektroskopie a využití metody pro řešení prostorových struktur proteinů, oligonukleotidů.., mapování jejich vzájemných interakcí a další využití metody pro studium fyzikálně-chemických vlastností biologicky aktivních látek EM: základní charakteristiky a principy elektronové mikroskopie a mikroskopie skenující sondou, včetně teoretické přípravy vzorků a analýzy získaných dat RTG: příprava krystalů, fyzikální základy metody, technologie řešení struktur biomolekul HS: základy hmotnostní spektrometrie, přehled metod a jejich využítí pro studium biomolekul SPR: základy metody a její využítí pro studium komplexů Optická microskopie: základy konfokální mikroskopie, mikroskopie s vysokým rozlišením |
|
||
Poslední úprava: Hrabal Richard prof. Ing. CSc. (21.09.2018)
Z: http://clab.vscht.cz/nmr/vyuka/struktbio D: Karlík M., Úvod do transmisní elektronové mikroskopie, ČVUT Praha, 2011, 978-80-01-04729-3 D: H. Günther: NMR Spectrosocopy John Wileay and Sons, 2.vydání, 2001 D: Orsburn B.C., Handbook of basic mass spectrometry for biologists and medical technologists: What you really need to know to get started, Bench to Bedside Press, New York, 2010, 0615434983. D: de Hoffmann E., Stroobant V., Mass spectrometry: Principles and Applications, Chichester, 2007, 978-0-470-03310-4. D: A. Fiser, A. Sali. Modeller: generation and refinement of homology-based protein structure models. Methods Enzymol 374, 461-491, 2003. |
|
||
Poslední úprava: Hrabal Richard prof. Ing. CSc. (20.10.2015)
Výpočetní metody: http://web.vscht.cz/spiwokv/modelovani/ EM: http://www.paru.cas.cz/lem/book/index.html NMR: http://en.wikipedia.org/wiki/Nuclear_magnetic_resonance |
|
||
Poslední úprava: Hrabal Richard prof. Ing. CSc. (20.10.2015)
1. Strukturní databáze a jejich využití, porovnávání jednotlivých struktur mezi sebou, molekulární elektrostatika 2. Predikce struktur proteinů, docking, virtuální screening 3. Molekulová mechanika, QM/MM, simulace molekulové dynamiky, problém vzorkování, sbalování proteinů 4. Základy spektroskopie nukleární magnetické resonance (NMR), chemický posun, interakční konstanta, součásti moderního NMR spektrometru 5. Postup při řešení struktur biomolekul, využití NMR pro studium komplexů, Konkrétní příklady řešení struktur, dynamiky a studia interakcí molekul 6. Základy struktur proteinů, úvod do rentgenové krystalografie, Krystaly makromolekul a jejich příprava 7. Teorie difrakce, sběr difrakčních dat, řešení prostorové struktury biomolekul, fázový problém, výstavba modelu, upřesňování, validace, práce s modely 8. Principy a techniky elektronové mikroskopie (transmisní (TEM) a skenovací elektronová mikroskopie (SEM), praktické ukázky využití v biologických vědách 9. Mikroskopie skenující sondou (mikroskopie atomárních sil (AFM), skenovací tunelovací mikroskopie (STM), praktické ukázky 10. Úvod do hmotnostní spektrometrie peptidů a proteinů, ionizační techniky, hmotnostní analyzátory, fragmentační techniky 11. Aplikace MS v biologických vědách (určení molekulové hmotnosti, identifikace proteinu, sekvenční analýza peptidů, konformační analýza peptidů a proteinů, studium interakcí). Konkrétní příklady využítí technik hmotnostní spektrometrie. 12. Optická mikroskopie 13. Superrezoluční mikroskopie 14. Povrchová plasmonová rezonance |
|
||
Poslední úprava: Hrabal Richard prof. Ing. CSc. (20.10.2015)
Biochemie, fyzikální chemie, instrumentální analýza. |
Zátěž studenta | ||||
Činnost | Kredity | Hodiny | ||
Příprava na přednášky, semináře, laboratoře, exkurzi nebo praxi | 1.5 | 42 | ||
Účast na seminářích | 1.5 | 42 | ||
3 / 3 | 84 / 84 |
Hodnocení studenta | |
Forma | Váha |
Aktivní účast na výuce | 50 |
Průběžné a zápočtové testy | 50 |