Kurz bude zaměřen na moderní metody molekulového modelování, mezi jiným i na numericky nákladné molekulové modelování, pro které je výhodné použití masivní paralelizace umožněné grafickými jednotkami GPU. Kurz bude vyučován formou praktických cvičení.

Úvod do molekulového modelování

Molekulové simulace v základním stavu

• molekulová dynamika

• ab initio molekulová dynamika pomocí dráhových integrálů

• nukleární kvantové efekty

• metody metadynamiky, analýza trajektorií)

Molekulové simulace v excitovaném stavu

• kvantově chemické metody pro popis elektronově excitovaných stavů

• semiempirické metody

• neadiabatická dynamika pomocí

• výpočty spin-orbitální vazby

Spektroskopie a molekulové vlastnosti

• výpočty elektronových spekter

• výpočty vibračních spekter a jejich analýza, výpočty molekulových vlastností ze spekter

• výpočty ionizovaných stavů, metody pro popis solvatace

• vlastnosti solvatovaných molekul

• vizualizace molekulových vlastností