Students will see how a molecular program and quantum chemical program works, will be able to perform basis molecular dynamics and quantum mechanics computations, and will obtain basic knowledge about the Linux operation system.

Studenti budou umět:

Po absolvování by studenti měli rozumět tomu, jak fungují kvantově-chemické a molekulárně-dynamické programy. Získají základní znalosti k práci s počítačem, operačním systémem linux, a programem Gaussian.

Z: P. Bouř, Základy kvantových výpočtů molekul 1997-2018 http://hanicka.uochb.cas.cz/~bour/prednaska/skripta.pdf

Z: manual www.gaussian.com

D: A. Szabo, N. S. Ostlund: Modern Quantum Chemistry: Introduction to Advanced Electronic Structure Theory, McGraw-Hill Publishing Company, New York, 1989 (ISBN 0-486-69186-1 or other reprints)

D: P. W. Atkins, R. S. Friedman, Molecular Quantum Mechanics, Oxford University Press, Oxford, 2005 (ISBN 0-19-927498-3 or other reprints)

D: I. N. Levine, Quantum Chemistry, Prentice-Hall, Upper Saddle River, 2000 (ISBN 0-19-927498-3)

Z: P. Bouř, Základy kvantových výpočtů molekul 1997-2018 http://hanicka.uochb.cas.cz/~bour/prednaska/skripta.pdf

Z: manual www.gaussian.com

D: A. Szabo, N. S. Ostlund: Modern Quantum Chemistry: Introduction to Advanced Electronic Structure Theory, McGraw-Hill Publishing Company, New York, 1989 (ISBN 0-486-69186-1 or other reprints)

D: P. W. Atkins, R. S. Friedman, Molecular Quantum Mechanics, Oxford University Press, Oxford, 2005 (ISBN 0-19-927498-3 or other reprints)

D: I. N. Levine, Quantum Chemistry, Prentice-Hall, Upper Saddle River, 2000 (ISBN 0-19-927498-3)

Overview of ab initio methods useful for computation of molecular properties will be given, with practical examples on computers. The topics include:

1. Classical and quantum concepts of molecular modelling

2. Ab initio methods and the Schrödinger equation

3. Basic axioms of quantum mechanics

4. Prediction of molecule properties from wavefunction

5. Approximate computational approaches in quantum mechanics

6. Density functional methods

7. Electromagnetic molecular properties

8. Energy minimalization, conformer averaging

9. Conformation analysis

10. Simulation of vibrational, optical, and NMR spectral properties

11. Prediction of protein structure, sequence analysis and protein structure

12. Solvent models for quantum computations

13. Applications of molecular modelling to new structural design

1. Koncepce molekulárního modelování

2. Numerické řešení Schroedingerovy rovnice

3. Základní pojmy kvantového popisu

4. Predikce vlastností molekul

5. Úvod do výpočetní kvantové mechaniky

6. Pokročilé ab initio metody

7. Empirické modely silového pole

8. Minimalizace energie a příbuzné metody

9. Konformační analýza

10. Simulace spektrálních vlastností

11. Predikce struktury proteinů, sekvenční analýza a skládání proteinů

12. Modelování monomolekulárních vrstev

13. Volná energie, solvatace, reakce a defekty pevného stavu v molekulárních modelech

14. Užití molekulárního modelování a chemické informace při navrhování nových struktur

manual www.gaussian.com

manual www.gaussian.com

Basic mathematical and physical knowledge

Základy matematiky a fyziky