Students will be able to:

determine various types of environmental contamination by harmful substances,

know the possible microbiological decomposition of harmful substances,

limitations of microbiological degradation of contaminants.

Studenti budou umět:

jednotlivé typy kontaminací prostředí škodlivými látkami,

jak probíhá rozklad škodlivých látek v prostředí mikrobiologickou cestou,

jaké jsou limity rozkladu škodlivých látek.

Students must to undergo all laboratory tests, to write protocol under rules and to surrend it in term, to write a test and to obtain a minimum 50% of points and pass an oral examination.

Pro zakončení je nutná 100 % účast v laboratořích, odevzdání protokolu podle daných požadavků a v termínu, napsání testu minimálně na 50 % bodů a absolvování ústní zkoušky.

Pepper I.L., Gerba G.P., Gentry T.J. Environmental Microbiology. 3. vyd. Elsevier, 2015. ISBN 9780123946263.

Palmisano A.C., Barlaz A.M. Microbiology of solid waste. CRC Press,1996. ISBN 0849383617.

Plíva P. a kol. Kompostování a kompostárna. Praha, 2016 Profi Press. ISBN 9788086726748.

Pepper I.L., Gerba G.P., Gentry T.J. Environmental Microbiology. 3. vyd. Elsevier, 2015. ISBN 9780123946263.

Palmisano A.C., Barlaz A.M. Microbiology of solid waste. CRC Press,1996. ISBN 0849383617.

Plíva P. a kol. Kompostování a kompostárna. Praha, 2016 Profi Press. ISBN 9788086726748.

Rules to grant credit: student will attend laboratories and deliver report from laboratory praxis in term.

Rules to get exam: student will consist within syllabus of a written part and then listener will be interviewed orally.

Požadavky k udělení zápočtu:

absolvování laboratoří a odevzdání protokolu z laboratorních cvičení v termínu.

Požadavky ke zkoušce:

v rozsahu sylabu (dále doporučená literatura) bude posluchač skládat písemnou zkoušku a poté bude dotazován ústně.

1. Characterization of microorganism environment, microbial profile of environment, interactions between microorganisms, microorganisms and plants.

2. General principles of biodegradation processes. The effect of environment on biodegradation (e.g. redox potential and pH environment).

3. Bioavailability and bioaccessibility of pollutants.

4. Petroleum products and petroleum-degrading microorganisms (principles and limits of microbial degradation, detection of microbial degradation).

5. Chlorinated hydrocarbons and microorganisms degrading chlorinated hydrocarbons (principles and limits of microbial degradation, detection of microbial degradation).

6. Persistent organic pollutants and microorganisms degrading persistent organic pollutants (principles and limits of microbial degradation, detection of microbial degradation).

7. Inorganic pollutants, radionuclides, heavy metals.

8. Landfill, microorganisms in landfill sites and microbiological processes during waste decomposition.

9. Composting, microorganisms in compost and microbiological processes during composting.

10. Theoretical preparation of experiment for laboratory testing.

11. Laboratory exercises – Preparation of sterile aids, dilution solutions, cultivation and diagnostic media.

12. Laboratory exercises – Determination of total degraders.

13. Laboratory exercises – Determination of degradation process.

14. Laboratory exercises – Identification of total degraders by Biolog system.

1. Prostředí výskytu mikroorganismů, mikrobiální profil prostředí, vzájemné vztahy mikroorganismů, mikroorganismů a rostlin.

2. Obecné rysy biodegradačních procesů. Vliv prostředí na průběh biodegradace (např. redox potenciál, pH).

3. Biologická dostupnost a dosažitelnost kontaminantu.

4. Ropné látky a mikroorganismy degradující ropu (podstata a limity mikrobiální degradace, detekce mikrobiální degradace).

5. Chlorované uhlovodíky a mikroorganismy degradující chlorované uhlovodíky (podstata a limity mikrobiální degradace, detekce mikrobiální degradace).

6. Perzistentní organické látky a mikroorganismy degradující perzistentní organické látky (podstata a limity mikrobiální degradace, detekce mikrobiální degradace).

7. Anorganické polutanty, radionuklidy, těžké kovy.

8. Skládka, mikroorganismy ve skládkách a mikrobiologické procesy probíhající v průběhu skládkování.

9. Kompostování, mikroorganismy v kompostu a mikrobiologické procesy probíhající v průběhu kompostování.

10. Teoretická příprava návrhu biodegradačního pokusu pro laboratorní testování.

11. Laboratorní cvičení - Příprava sterilních pomůcek, příprava a sterilizace ředících roztoků, kultivačních a diagnostických médií.

12. Laboratorní cvičení - Stanovení celkového počtu degradujících mikroorganismů.

13. Laboratorní cvičení – Stanovení průběhu degradace kontaminantu.

14. Laboratorní cvičení - Identifikace degradujících mikroorganismů systémem Biolog.

Horáková D.: Bioremediace. 2006, skriptum Masarykova univerzita, http://is.muni.cz/do/1499/el/estud/prif/ps06/3062932/bioremediace_FRVS_2006-2.pdf

Chumchalová J., Kubal M., Šír M.: Praktická cvičení z environmentální mikrobiologie, VŠCHT Praha, 2023

Miniatlas mikroorganismů. http://old.vscht.cz/obsah/fakulty/fpbt/ostatni/miniatlas/index.htm

Horáková D.: Bioremediace. 2006, skriptum Masarykova univerzita, http://is.muni.cz/do/1499/el/estud/prif/ps06/3062932/bioremediace_FRVS_2006-2.pdf

Chumchalová J., Kubal M., Šír M.: Praktická cvičení z environmentální mikrobiologie, VŠCHT Praha, 2023

Miniatlas mikroorganismů. http://old.vscht.cz/obsah/fakulty/fpbt/ostatni/miniatlas/index.htm

Basic knowledge from biology and microscopic techniques.

Základní znalosti z biologie a mikroskopování