A credit: a practical project + a protocol

An exam: a written test

Zápočet: praktický projekt a protokol o jeho řešení

Zkouška: písemný test

R:A. Lesk, Introduction to Bioinformatics, Oxford University Press 2014, ISBN 9780199651566

A:P. M. Selzer a kol., Applied Bioinformatics: An Introduction, Springer 2018, ISBN 3319682997

A:J. Pevsner, Bioinformatics and Functional Genomics, Wiley 2017, ISBN 9788126567683

Doporučená:

• Zvárová Jana, Mazura Ivan. Metody molekulární biologie a bioinformatiky. Praha: Karolinum, 2012, 343 s. ISBN 978-80-246-2150-0.
• Lesk, Arthur M.. Introduction to bioinformatics. : Oxford University Press, 2019, 432 s. ISBN 978-0198794141.
• Pevsner, Jonathan. Bioinformatics and functional genomics. : Blackwell Pub, 2015, 1160 s. ISBN 978-1-118-58178-0.

Credit: practical project

Exam: a credit is required to register for the exam; the exam is in the form of a written test

Zápočet: praktický projekt

Zkouška: k přihlášení se na zkoušku je vyžadován zápočet, zkouška je formou písemného testu

1. Cell biology summary Soubor

2. DNA recombinant technology, genome maps, Sanger sequencing Soubor

3. Genome mapping and sequencing, human genome project

4. Pairwise sequence alignment - homology and similarity, basic principles of alignment

5. Pairwise sequence alignment - scoring, substitution matrices PAM and BLOSUM, dot plot

6. Searching in sequence databases, BLAST

7. Multiple sequence alignment - scoring and creation

8. Molecular phylogenetic analysis - molecular evolution, phylogenetic trees, models of evolution, methods of phylogenetic trees construction

9. Structure of biomacromolecules - Protein Databank, protein structure classification - SCOP and CATH

10. Prediction of the secondary protein structure

11. Prediction of the tertiary protein structure - homology modeling, threading, ab initio methods, CASP

12. RNA structure and its prediction

1. Shrnutí buněčné biologie

2. Rekombinantní DNA technologie, mapy genomu, Sangerovo sekvenování

3. Mapování a sekvenování genomu, projekt lidského genomu

4. Párové zarovnání sekvencí – homologie a podobnost, základní principy zarovnání

5. Párové zarovnání sekvencí – skórování, substituční matice PAM a BLOSUM, bodový diagram (dot plot)

6. Vyhledávání v databázích sekvencí, BLAST

7. Vícenásobné zarovnání sekvencí – skórování a tvorba

8. Molekulárně-fylogenetická analýza – molekulární evoluce, fylogenetické stromy, evoluční modely, metody konstrukce fylogenetických stromů

9. Struktura biomakromolekul – Protein Data Bank, klasifikace proteinových struktur – SCOP a CATH

10. Predikce sekundární struktury proteinů

11. Predikce terciární struktury proteinů – homologní modelování, threading, *ab initio* metody, CASP

12. Struktura RNA a její predikce

Lecture (video and slides) "Computational molecular biology" at Stanfordu: http://biochem218.stanford.edu/

Videocourse from Steve Skiena "Introduction to Computational Biology" is focused more on how bioinformatics algorithms work than on how to use them.: https://www3.cs.stonybrook.edu/~skiena/549/

Book "Applied Statistics for Bioinformatics using R" by Wim P. Krijnen - http://cran.r-project.org/doc/contrib/Krijnen-IntroBioInfStatistics.pdf

Přednáška (video i slidy) "Computational molecular biology" na Stanfordu: http://biochem218.stanford.edu/

Videokurs od Stevena Skieny "Introduction to Computational Biology" je zaměřen více na to, jak fungují bioinformatické algoritmy, než jak je používat: https://www3.cs.stonybrook.edu/~skiena/549/

Kniha "Applied Statistics for Bioinformatics using R", Wim P. Krijnen - http://cran.r-project.org/doc/contrib/Krijnen-IntroBioInfStatistics.pdf

Students will know:

Basics principles of the sequence similarity and homology.

Sequence alignment and sequence database searching.

Molecular phylogenetic analysis.

Nucleic acids and proteins structure and its prediction.

Studenti budou umět:

Zvládat základní principy vyhodnocení podobnosti a homologie sekvencí nukleových kyselin a proteinů.

Zarovnávat sekvence nukleových kyselin a proteinů a vyhledávat je v sekvenčních databázích.

Provádět fylogenetickou analýzu a konstruovat fylogenetické stromy podchycující vztahy např. mezi různými organismy na základě analýzy sekvencí jejich DNA.

Porozumí základním principům výstavby a predikce strukury nukleových kyselin a proteinů.

Molecular Biology/Genetics, Biochemistry

Molekulární biologie/genetika, Biochemie