The student selects one lecture that he finds interesting and discusses it in detail with the instructor.

Student si vybere jednu z přednášek, která mu konvenovala, a provede s vyučujícím její rozbor.

R: Zvárová J, Mazura I (eds.), Metody molekulární biologie a bioinformatiky, Karolinum, Praha 2013, ISBN: 978-8024621500

R: Rodriguez-Ezpeleta N., Hackenberg M., Aransay A. M. (Eds.), Bioinformatics for High Throughput Sequencing, Springer 2012, ISBN 978-1-4614-0781-2

A: Cristianini N., Hahn W., Introduction to Computational Genomics. A case studies approach, Cambridge University Press 2012, ISBN: 978-0-521-67191-0

A: Brown S. M. (Ed.), Next-Generation DNA Sequencing Informatics, Cold Spring Harbor Laboratory Press 2012, ISBN: 978-1-936113-87-3

A: Hahne F., Huber W., Gentleman R., Falcon S., Bioconductor Case Studies, Springer 2008, ISBN: 978-0-387-77240-0

Z: Zvárová J, Mazura I (eds.), Metody molekulární biologie a bioinformatiky, Karolinum, Praha 2013, ISBN: 978-8024621500

Z: Rodriguez-Ezpeleta N., Hackenberg M., Aransay A. M. (Eds.), Bioinformatics for High Throughput Sequencing, Springer 2012, ISBN 978-1-4614-0781-2

D: Cristianini N., Hahn W., Introduction to Computational Genomics. A case studies approach, Cambridge University Press 2012, ISBN: 978-0-521-67191-0

D: Brown S. M. (Ed.), Next-Generation DNA Sequencing Informatics, Cold Spring Harbor Laboratory Press 2012, ISBN: 978-1-936113-87-3

D: Hahne F., Huber W., Gentleman R., Falcon S., Bioconductor Case Studies, Springer 2008, ISBN: 978-0-387-77240-0

The lecturers—and consequently the lecture topics—change over time. Below are examples of some lectures that have been delivered in the past:

1. Genome assembly of a non-model organism

2. Selection pressure on the human genome detected in the proximity of forensic microsatellite markers

3. Enzyme inhibitor design: an extended case study

4. Development of bioinformatics software for diagnostic laboratories

5. Use of bioinformatics analyses in microbiology

6. Changes in sequence characteristics in orthologous genes of vertebrates

7. Comprehensive research on cell communication in the tumor microenvironment

8. The Probes & Drugs portal

9. Hidden and stuttering genes in birds

Přednášející a tedy i témata přednášek jsou měněna. Níže jsu příklady některých z proběhlých přednášek:

1. Assembly genomu nemodelového organizmu

2. Selection pressure on human genome detected in the proximity of forensic microsatellite markers

3. Enzyme inhibitor design: an extended case study

4. Vývoj bioinformatického software pro diagnostické laboratoře

5. Využití bioinformatických analýz v mikrobiologii

6. Změny sekvenčních charakteristik v orthologních genech obratlovců

7. Komplexní výzkum komunikace buněk v nádorovém mikroprostředí

8. The Probes & Drugs portal

9. Hidden and stuttering genes in birds

none

žádné

Students will be able to:

• Gain general knowledge of bioinformatics methods and approaches employed in solving real-life scientific projects.

Studenti budou umět:

• získají přehled, jakým způsobem a za pomocí jakých algoritmů a programů jsou řešeny běžné vědecké projekty na příkladech reálných projektů na pracovištích jednotlivých přednášejících.

Biochemistry, Molecular genetics, Bioinformatics

základní znalosti biochemie, molekulární genetiky a bioinformatiky v rozsahu vyučovaném v bakalářském SP na VŠCHT Praha