This course summarizes acquired bioinformatics knowledge, and puts bioinformatics skills into a context. Lecturers will demonstrate individual methods and approaches using well documented and well performed experiments. Possible solutions will be compared, and their efficiency will be discussed.
Last update: Hladíková Jana (04.01.2018)
Shrnující předmět, který postaví získané znalosti a dovednosti do patřičných souvislostí. Na zdokumentovaných dobře provedených experimentech budou přednášející demonstrovat využití jednotlivých metod a přístupů, které byly součástí předešlých předmětů a diskutovat efektivitu jednotlivých řešení.
Aim of the course -
Last update: Hladíková Jana (04.01.2018)
Students will be able to:
Gain general knowledge of bioinformatics methods and approaches employed in solving real-life scientific projects.
Last update: Hladíková Jana (04.01.2018)
Studenti budou umět:
získají přehled, jakým způsobem a za pomocí jakých algoritmů a programů jsou řešeny běžné vědecké projekty na příkladech reálných projektů na pracovištích jednotlivých přednášejících.
Literature -
Last update: Svozil Daniel prof. Mgr. Ph.D. (04.11.2018)
R: Zvárová J, Mazura I (eds.), Metody molekulární biologie a bioinformatiky, Karolinum, Praha 2013, ISBN: 978-8024621500
R: Rodriguez-Ezpeleta N., Hackenberg M., Aransay A. M. (Eds.), Bioinformatics for High Throughput Sequencing, Springer 2012, ISBN 978-1-4614-0781-2
A: Cristianini N., Hahn W., Introduction to Computational Genomics. A case studies approach, Cambridge University Press 2012, ISBN: 978-0-521-67191-0
A: Brown S. M. (Ed.), Next-Generation DNA Sequencing Informatics, Cold Spring Harbor Laboratory Press 2012, ISBN: 978-1-936113-87-3
A: Hahne F., Huber W., Gentleman R., Falcon S., Bioconductor Case Studies, Springer 2008, ISBN: 978-0-387-77240-0
Last update: Svozil Daniel prof. Mgr. Ph.D. (04.11.2018)
Z: Zvárová J, Mazura I (eds.), Metody molekulární biologie a bioinformatiky, Karolinum, Praha 2013, ISBN: 978-8024621500
Z: Rodriguez-Ezpeleta N., Hackenberg M., Aransay A. M. (Eds.), Bioinformatics for High Throughput Sequencing, Springer 2012, ISBN 978-1-4614-0781-2
D: Cristianini N., Hahn W., Introduction to Computational Genomics. A case studies approach, Cambridge University Press 2012, ISBN: 978-0-521-67191-0
D: Brown S. M. (Ed.), Next-Generation DNA Sequencing Informatics, Cold Spring Harbor Laboratory Press 2012, ISBN: 978-1-936113-87-3
D: Hahne F., Huber W., Gentleman R., Falcon S., Bioconductor Case Studies, Springer 2008, ISBN: 978-0-387-77240-0
Learning resources -
Last update: Hladíková Jana (04.01.2018)
none
Last update: Hladíková Jana (04.01.2018)
žádné
Syllabus -
Last update: Hladíková Jana (04.01.2018)
1. Introduction
2. Bacterial genome assembly - Achromobacter
3. Eukaryotic genome project I - Mastigamoeba, assembly from z 454, Illumina and PacBio sequences
4. Eukaryotic genome project II - repeats and other problematic stretches, assembly evaluation
5. Eukaryotic genome project III - gene prediction, annotation
6. RNA-Seq of the known genome, analysis of gene expression
7. Exploratory RNA-Seq of unknown genomes - Cobitis
8. Analysis of gene expression of tumorous tissues using microarrays
9. Metagenomics, analysis of poluted ground water
10. Phylogenetic analysis of the SARS epidemic
11. Comparative genomics, Burkholderia
12. Epigenetic analysis, melanomes
13. ENSEMBLE API
14. Genotyping analysis, porphyria
Last update: Hladíková Jana (04.01.2018)
1. Úvod
2. Assembly bakteriálního genomu - Achromobacter
3. Eukaryotický genomový projekt I - Mastigamoeba, sestavení z 454, Illumina a PacBio sekvencí
4. Eukaryotický genomový projekt II - repetice a jiné problémové úseky, evaluace sestavení
5. Eukaryotický genomový projekt III - predikce genů, anotace