Students will be able to:

• Gain general knowledge of bioinformatics methods and approaches employed in solving real-life scientific projects.

Studenti budou umět:

• získají přehled, jakým způsobem a za pomocí jakých algoritmů a programů jsou řešeny běžné vědecké projekty na příkladech reálných projektů na pracovištích jednotlivých přednášejících.

An oral exam.

.

R: Zvárová J, Mazura I (eds.), Metody molekulární biologie a bioinformatiky, Karolinum, Praha 2013, ISBN: 978-8024621500

R: Rodriguez-Ezpeleta N., Hackenberg M., Aransay A. M. (Eds.), Bioinformatics for High Throughput Sequencing, Springer 2012, ISBN 978-1-4614-0781-2

A: Cristianini N., Hahn W., Introduction to Computational Genomics. A case studies approach, Cambridge University Press 2012, ISBN: 978-0-521-67191-0

A: Brown S. M. (Ed.), Next-Generation DNA Sequencing Informatics, Cold Spring Harbor Laboratory Press 2012, ISBN: 978-1-936113-87-3

A: Hahne F., Huber W., Gentleman R., Falcon S., Bioconductor Case Studies, Springer 2008, ISBN: 978-0-387-77240-0

Z: Zvárová J, Mazura I (eds.), Metody molekulární biologie a bioinformatiky, Karolinum, Praha 2013, ISBN: 978-8024621500

Z: Rodriguez-Ezpeleta N., Hackenberg M., Aransay A. M. (Eds.), Bioinformatics for High Throughput Sequencing, Springer 2012, ISBN 978-1-4614-0781-2

D: Cristianini N., Hahn W., Introduction to Computational Genomics. A case studies approach, Cambridge University Press 2012, ISBN: 978-0-521-67191-0

D: Brown S. M. (Ed.), Next-Generation DNA Sequencing Informatics, Cold Spring Harbor Laboratory Press 2012, ISBN: 978-1-936113-87-3

D: Hahne F., Huber W., Gentleman R., Falcon S., Bioconductor Case Studies, Springer 2008, ISBN: 978-0-387-77240-0

Předmět je zakončen ústní zkouškou.

1. Introduction

2. Bacterial genome assembly - Achromobacter

3. Eukaryotic genome project I - Mastigamoeba, assembly from z 454, Illumina and PacBio sequences

4. Eukaryotic genome project II - repeats and other problematic stretches, assembly evaluation

5. Eukaryotic genome project III - gene prediction, annotation

6. RNA-Seq of the known genome, analysis of gene expression

7. Exploratory RNA-Seq of unknown genomes - Cobitis

8. Analysis of gene expression of tumorous tissues using microarrays

9. Metagenomics, analysis of poluted ground water

10. Phylogenetic analysis of the SARS epidemic

11. Comparative genomics, Burkholderia

12. Epigenetic analysis, melanomes

13. ENSEMBLE API

14. Genotyping analysis, porphyria

1. Úvod

2. Assembly bakteriálního genomu - Achromobacter

3. Eukaryotický genomový projekt I - Mastigamoeba, sestavení z 454, Illumina a PacBio sekvencí

4. Eukaryotický genomový projekt II - repetice a jiné problémové úseky, evaluace sestavení

5. Eukaryotický genomový projekt III - predikce genů, anotace

6. RNA-Seq na známém genomu, expresní analýza

7. Explorativní RNA-Seq neznámých genomů - Cobitis

8. Expresní analýza nádorových tkání pomocí mikročipů

9. Metagenomika, analýza polutované spodní vody

10. Fylogenetická analýza epidemie SARS

11. Komparativní genomika, Burkholderia

12. Epigenetická analýza, melanomy

13. ENSEMBLE api

14. Genotypová analýza, porfýrie

none

žádné

Biochemistry, Molecular genetics, Bioinformatics

základní znalosti biochemie, molekulární genetiky a bioinformatiky v rozsahu vyučovaném v bakalářském SP na VŠCHT Praha