Students will be able to:

Use existing bioinformatics tools for their own work.

Understand the principles of the most important bioinformatics challenges.

Solve basic bioinformatics problems using Python programming language.

Studenti budou umět:

Používat běžně dostupné nástroje k řešení základních bioinformatických problémů.

Rozumět principu nejdůležitějších programátorských postupů používaných v bioinformatice.

Vyřešit základní bioinformatické problémy pomocí programovacího jazyka Python.

Students will be graded by the work done on home exercises.

Studenti získají klasifikovaný zápočet za vyřešení domácích úkolů.

R: Mareš, Martin; Valla, Tomáš: "Průvodce labyrintem algoritmů". CZ.NIC, 2017. ISBN 978-80-88168-22-5

R: Pilgrim, Mark: "Ponořme se do Python(u) 3". CZ.NIC, 2011. ISBN 978-80-904248-2-1

R: Jones, Neil C.; Pevzner, Pavel A.: "An Introduction to Bioinformatics Algorithms". The MIT Press, 2004. ISBN 978-0262101066

R: Libeskind-Hadas, Ran; Bush, Eliot: "Computing for Biologists: Python Programming and Principles". Cambridge University Press, 2014. ISBN 978-1107642188

A: Antao, Tiago: "Bioinformatics with Python Cookbook". Packt Publishing, 2015. ISBN 978-1782175117

A: Wróblewski, Piotr: "Algoritmy". Computer Press, 2017. ISBN 978-80-251-4126

A: Bassi, Sebastian: "Python for Bioinformatics". Chapman and Hall/CRC, 2009. ISBN 978-1584889298

A: Compeau, Phillip; Pevzner, Pavel: "Bioinformatics Algorithms: An Active Learning Approach". Active Learning Publishers, 2014. ISBN 978-0990374602

A: Stevens, Tim J.; Boucher, Wayne: "Python Programming for Biology: Bioinformatics and Beyond". Cambridge University Press, 2015. ISBN 978-0521720090

A: Haddock, Steven H.D.; Dunn, Casey W.: "Practical Computing for Biologists". Sinauer Associates, 2010. ISBN 978-0878933914

Z: Mareš, Martin; Valla, Tomáš: "Průvodce labyrintem algoritmů". CZ.NIC, 2017. ISBN 978-80-88168-22-5

Z: Pilgrim, Mark: "Ponořme se do Python(u) 3". CZ.NIC, 2011. ISBN 978-80-904248-2-1

Z: Zvárová J., Biomedicínská informatika V.- Metody molekulární biologie a bioinformatiky, Karolinum, 2013, ISBN: 9788024621500

Z: Jones, Neil C.; Pevzner, Pavel A.: "An Introduction to Bioinformatics Algorithms". The MIT Press, 2004. ISBN 978-0262101066

D: Wróblewski, Piotr: "Algoritmy". Computer Press, 2017. ISBN 978-80-251-4126

D: Libeskind-Hadas, Ran; Bush, Eliot: "Computing for Biologists: Python Programming and Principles". Cambridge University Press, 2014. ISBN 978-1107642188

D: Antao, Tiago: "Bioinformatics with Python Cookbook". Packt Publishing, 2015. ISBN 978-1782175117

D: Bassi, Sebastian: "Python for Bioinformatics". Chapman and Hall/CRC, 2009. ISBN 978-1584889298

D: Compeau, Phillip; Pevzner, Pavel: "Bioinformatics Algorithms: An Active Learning Approach". Active Learning Publishers, 2014. ISBN 978-0990374602

D: Stevens, Tim J.; Boucher, Wayne: "Python Programming for Biology: Bioinformatics and Beyond". Cambridge University Press, 2015. ISBN 978-0521720090

D: Haddock, Steven H.D.; Dunn, Casey W.: "Practical Computing for Biologists". Sinauer Associates, 2010. ISBN 978-0878933914

A graded credit: homeworks

Klasifikovaný zápočet: domácí úkoly

1-2. Data formats in bioinformatics.

3-4. Algorithm complexity I. Recursion, memoization. Dynamic programming.

5-7. Sequence alignment.

8-9. Multiple sequence alignment.

10-12. Markov chains and models. Hidden Markov models.

13-14. Motifs discovery and search.

1-2. Hlavní bioinformatické formáty.

3-4. Náročnost algoritmů I. Rekurze a memoizace. Dynamické programování.

5-7. Jednoduché zarovnávání sekvencí.

8-9. Vícenásobné zarovnávání sekvencí.

10-12. Markovovy řetězce a modely. Skryté Markovovy modely.

13-14. Vyhledávání vzorů.

web pages of the course at http://vyuka.ookami.cz

webové stránky předmětu na http://vyuka.ookami.cz

Basic knowladge of bioinformatics and Python programming is assumed.

Předpokládá se znalost základů bioinformatiky a programování v jazyce Python.