Students will be able to:

Use publicly accessible bioinformatics tools and nucleotide and protein databases.

Independently design a strategy to analyze the sequence data, critically interpret the outcome of analyses and propose an experimental approach to prove the in silico predictions correct.

Taking advantage from bioinformatic analyses of nucleotide and protein sequences, propose complex, feasible solution for a successful molecular biology experiment.

Studenti budou umět:

Využívat volně přístupné bioinformatické nástroje a databáze nukleových kyselin a proteinů.

Samostatně navrhnout strategii analýzy sekvencí a kriticky zhodnotit výsledky získané in silico a navrhnout cesty experimentálního potvrzení správnosti predikcí in silico.

S využitím výsledků analýz nukleotidových a proteinových sekvencí navrhnout schůdné řešení molekulárně-biologického experimentu.

R: Cvrčková F., Úvod do praktické bioinformatiky, Academia, 2006, ISBN 80-200-1360-1

A: Pazos F., Chagoyen M., Practical protein bioinformatics, Springer International Publishing, 2015, ISBN 978-3-319-12726-2

A: Green M.R., Sambrook J., Molecular Cloning: A Laboratory Manual (4th ed.), Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2012, ISBN 1936113422

Z: Cvrčková F., Úvod do praktické bioinformatiky, Academia, 2006, ISBN 80-200-1360-1

D: Pazos F., Chagoyen M., Practical protein bioinformatics, Springer International Publishing, 2015, ISBN 978-3-319-12726-2

D: Green M.R., Sambrook J., Molecular Cloning: A Laboratory Manual (4th ed.), Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2012, ISBN 1936113422

Předmět je ukončen vypracováním individuálního projektu a jeho obhajobou.

1. Bioinformatics, cross-database search platforms for data mining.

2. Databases and software for nucleotide sequence analyses.

3. Gene function predictions, prediction of promoters and regulatory elements.

4. Design and practical aspects of PCR experiment.

5. Central dogma upturned: a strategy to isolate coding sequence.

6. Practical aspects and method selection in DNA and DNA-binding protein analyses.

7. Practical aspects and method selection in RNA and transcript level analyses.

8. Proteomic servers and databases. Tools for protein sequence alignments.

9. Protein modifications. In silico prediction and experimental proof.

10. Protein secondary structure and hydropathy profile. In silico prediction and experimental proof.

11. Protein quaternary structure and oligomerization state. In silico prediction and experimental proof.

12. Membrane proteins. Determination of protein topology in biological membrane, the surface properties of proteins and detergents.

13. Native state of protein. Intracellular localization and interactions of protein.

14. Gene ontology. Processing of data from proteomic experiments.

1. Bioinformatika, platformy pro získávání informací a vzájemná propojení databází.

2. Databáze a programy pro analýzy sekvencí nukleových kyselin.

3. Predikce funkce genu, promotoru a regulačních elementů.

4. Návrh a praktické aspekty provedení PCR.

5. Centrální dogma naruby - strategie izolace kódující sekvence.

6. Praktické aspekty a volba metod analýzy DNA a DNA vazebných proteinů.

7. Praktické aspekty a volba metod analýzy RNA a porovnání hladin transkriptů genů.

8. Proteomické servery a databáze. Nástroje pro porovnání sekvencí proteinů.

9. Předpověď modifikací proteinů in silico a experimentální ověření predikce.

10. Sekundární struktura a hydrofobní profil proteinu. Predikce a experimentální ověření.

11. Kvartérní struktura proteinu a oligomerizační stav. Predikce a experimentální ověření.

12. Membránové proteiny. Určení topologie proteinu v biologické membráně, povrchové vlastnosti proteinů a detergentů.

13. Nativní stav proteinu. Lokalizace a interakce proteinů v buňce.

14. Genové ontologie. Zpracování dat z proteomických experimentů.

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/

https://www.ebi.ac.uk/services

https://www.expasy.org/

https://www.uniprot.org/

https://bio.tools/

Lectures are available (in czech language) at e-learning.vscht.cz

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/

https://www.ebi.ac.uk/services

https://www.expasy.org/

https://www.uniprot.org/

https://bio.tools/

Přednášky v elektronické podobě zveřejněné na e-learning.vscht.cz

Molecular Biology

Genetic Engineering

Molekulární biologie, Genové inženýrství