Bioinformatic Data Processing - M320079
Title: Bioinformatické zpracování dat
Guaranteed by: Department of Biochemistry and Microbiology (320)
Faculty: Faculty of Food and Biochemical Technology
Actual: from 2023
Semester: winter
Points: winter s.:4
E-Credits: winter s.:4
Examination process: winter s.:
Hours per week, examination: winter s.:1/2, C+Ex [HT]
Capacity: unlimited / unlimited (unknown)
Min. number of students: unlimited
State of the course: taught
Language: Czech
Teaching methods: full-time
Teaching methods: full-time
Level:  
Note: course can be enrolled in outside the study plan
enabled for web enrollment
Guarantor: Strejček Michal Ing. Ph.D.
Examination dates   
Annotation - Czech
Cílem předmětu je seznámit studenty se základy strojového zpracování experimentálních dat menšího až středního rozsahu. Důraz je kladen na zpracování hrubých dat, jejich transformace a export nebo jejich vizualizace.
Last update: Strejček Michal (21.06.2023)
Aim of the course - Czech

Studenti si osvojí základy práce v linuxovém prostředí a základy zpracování a vizualizace dat v prostředí R s důrazem na koncept „tidy data“ a systém Tidyverse.

Last update: Strejček Michal (21.06.2023)
Literature - Czech

Z: R for Data Science: Import, Tidy, Transform, Visualize, and Model Data. Hadley Wickham, Mine Çetinkaya-Rundel, Garrett Grolemund. 2023, 2nd Edition, O'Reilly Media. ISBN 1492097403.

Z: Advanced R. Hadley Wickham. 2019, 2nd Edition, O'Reilly Media. ISBN 0815384572.

Last update: Lipovová Petra (12.10.2023)
Requirements to the exam - Czech

Předmět je zakončen vypracováním samostatného projektu

Last update: Lipovová Petra (09.08.2023)
Syllabus - Czech

1. Problematika práce s daty

2.-3. Rstudio IDE, základy jazyka R

4.-6. Tidyverse – transformace dat

7.-9. Tidyverse – vizualizace data

10. Práce s textovými řetězci (Stringr, regulární výrazy)

11.-12. Základy administrace systému Linux

13. Vzdálený přístup a instalace softwarových nástrojů (Anaconda, Pip, GitHub)

14. Konzultace projektu

Last update: Lipovová Petra (13.07.2023)