SubjectsSubjects(version: 965)
Course, academic year 2024/2025
  
Analysis of Sequence Data - M320080
Title: Analýza sekvenčních dat
Guaranteed by: Department of Biochemistry and Microbiology (320)
Faculty: Faculty of Food and Biochemical Technology
Actual: from 2023
Semester: summer
Points: summer s.:5
E-Credits: summer s.:5
Examination process: summer s.:
Hours per week, examination: summer s.:1/2, C+Ex [HT]
Capacity: unknown / unknown (unknown)
Min. number of students: unlimited
State of the course: taught
Language: Czech
Teaching methods: full-time
Level:  
Note: course can be enrolled in outside the study plan
enabled for web enrollment
Guarantor: Strejček Michal Ing. Ph.D.
Annotation - Czech
Cílem předmětu je seznámit studenty se zpracováním hrubých sekvenačních dat a jejich následnou analýzou v rámci genomiky, metagenomiky a transkriptomiky.
Last update: Kubová Petra (06.11.2023)
Course completion requirements - Czech

Vypracování projektu

Last update: Strejček Michal (21.06.2023)
Literature - Czech

Z: Essential Bioinformatics. Jin Xiong. 2006, Cambridge University Press, ISBN 0521600820

Z: Introduction to Genomics. Arthur M. Lesk. 2012, Oxford University Press, 2nd Edition, ISBN 0198745893

Last update: Lipovová Petra (12.10.2023)
Syllabus - Czech

1. Úvod do problematiky sekvenačních technik a práce se sekvencemi

2. Zpracování sekvencí získané pomocí Sangerovy metody

3. Základní formáty a vyhledávací nástroje sekvenčních dat

4. Vysokokapacitní sekvenování amplikonů - taxonomické markery

5. Sekvenace genomu - krátké, dlouhé a hybridní čtení

6. Anotace genomu

7. Taxonomie a fylogenetika

8. Cvičení z genomiky

9.-10. Metagenomika

11.-13. Transkriptomika

14. Konzultace projektu

Last update: Kubová Petra (06.11.2023)
Learning outcomes - Czech

Studenti si osvojí praktické dovednosti v oblasti zpracování hrubých sekvenačních dat a jejich dalších zpracování, jako je anotace genomu, genome-binning, hledání sekvenčních motivů, taxonomická klasifikace a základy RNAseq analýzy.

Last update: Strejček Michal (21.06.2023)
 
VŠCHT Praha