Students will be able to:

• design a proteomic experiment

• identify and quantify proteins using mass spectrometric data

• mine the acquired data for biological knowledge

Studenti budou umět:

• navrhnout proteomický experiment

• identifikovat a kvantifikovat proteiny na základě hmotnostně spektrometrických dat

• vyvodit biologické závěry ze získaných dat

Gross J.H., Mass spectrometry, Springer International Publishing, 2017, ISBN 978-3-319-54397-0

Pazos F., Chagoyen M., Practical protein bioinformatics, Springer International Publishing, 2015, ISBN 978-3-319-12726-2

Bessant C. (editor), Proteome Informatics, The Royal Society of Chemistry, 2017, ISBN 978-1-78262-428-8, https://doi.org/10.1039/9781782626732

Z: Gross J.H., Mass spectrometry, Springer International Publishing, 2017, ISBN 978-3-319-54397-0

D: Pazos F., Chagoyen M., Practical protein bioinformatics, Springer International Publishing, 2015, ISBN 978-3-319-12726-2

D: Bessant C. (editor), Proteome Informatics, The Royal Society of Chemistry, 2017, ISBN 978-1-78262-428-8, https://doi.org/10.1039/9781782626732

Vypracování cvičení v průběhu semestru, písemná zkouška

1. Introduction to proteomic analysis - overview, sample preparation

2. Separation methods in proteomics

3. Mass spectrometry - instrumentation, tandem mass spectrometry

4. Identification of proteins I - peptide mass fingerprinting, identification using MS/MS data, de novo sequencing

5. Identification of proteins II - spectral libraries, identification of proteins from DIA runs

6. Quantification of proteins I - overview, label-based methods

7. Quantification of proteins II - label-free methods, targeted quantification

8. Analysis of posttranslational modifications

9. Biological interpretation of proteomic data

10. Proteomics vs. other -omics sciences

11. Structural proteomics - amino acid modification, crosslinking, hydrogen/deuterium exchange

12. Non-mass spectrometry based proteomic methods

13. Applied proteomics I - identification of microorganisms and other medical applications

14. Applied proteomics II - mass spectrometry imaging, food and forensic applications of proteomics

1. Úvod do proteomické analýzy – přehled, příprava vzorků

2. Separační metody v proteomice

3. Hmotnostní spektrometrie – instrumentace, tandemová hmotnostní spektrometrie

4. Identifikace proteinů I – peptidové mapování, identifikace s využitím MS/MS dat, de novo sekvenování

5. Identifikace proteinů II – knihovny spekter, identifikace proteinů z DIA analýz

6. Kvantifikace proteinů I – přehled, metody využívající izotopové značky

7. Kvantifikace proteinů II – metody nevyužívající izotopové značky, cílená kvantifikace

8. Analýza posttranslačních modifikací

9. Biologická interpretace proteomických dat

10. Proteomika vs. další -omické vědy

11. Strukturní proteomika – modifikace aminokyselin, prokřižování, výměna vodíku za deuterium

12. Proteomické metody nevyužívající hmotnostní spektrometrii

13. Aplikace proteomiky I – identifikace mikroorganismů a další medicínské aplikace

14. Aplikace proteomiky II – hmotnostně spektrometrické zobrazování, využití proteomiky v potravinářských a forenzních vědách

Lectures are available (in czech language) at e-learning.vscht.cz

Přednášky v elektronické podobě zveřejněné na e-learning.vscht.cz

Biochemistry I

Analytical Chemistry I

základní znalosti biochemie a analytické chemie v rozsahu vyučovaném v bakalářském SP na VŠCHT