Last update: Raich Ivan doc. Dr. Ing. (01.03.2018)
The course in the introduction familiarizes with the advanced functions in MS Word, MS Excel and EndNote for the creation of long scientific documents, processing of large tabular data and optimizations and storing bibliographic references and processing of literature searches, respectively. However, it primarily introduces the basics of molecular modeling, construction and editing of a 3D structure of molecules, and depiction of various molecular properties. Within a separate project, students process and submit a literature search on a topic assigned by diploma thesis supervisor.
Last update: Raich Ivan doc. Dr. Ing. (01.03.2018)
Předmět v úvodu seznamuje s pokročilými funkcemi v programech MS Word, MS Excel a EndNote při vytváření dlouhých odborných dokumentů, při zpracování rozsáhlých tabulkových dat a optimalizacích a při práci s bibliografickými citacemi a zpracování rešerší. Především však seznamuje se základy molekulárního modelování, konstrukcí a úpravou 3D struktury molekul a výpočty a zobrazením nejrůznějších molekulových vlastností. V rámci samostatného projektu studenti zpracovávají a odevzdávají literární rešerši na téma zadané školitelem DP.
Aim of the course -
Last update: Raich Ivan doc. Dr. Ing. (01.03.2018)
Students will be able to:
Use MS Word for writing and editing long scientific documents
Use MS Excel for processing large data and optimization
Build and inspect 3D models of various compounds including biopolymers
Perform geometric optimizations, molecular dynamics and other calculations
Critically evaluate outputs of molecular modeling in literature
Independently create a large literature survey and proces bibliographies in EndNote
Last update: Raich Ivan doc. Dr. Ing. (01.03.2018)
Studenti budou umět:
Používat MS Word při psaní a úpravě dlouhých odborných dokumentů
Používat MS Excel při zpracování velmi rozsáhlých dat a optimalizacích
Konstruovat a prohlížet 3D modely nejrůznějších látek včetně biopolymerů
Provádět geometrické optimalizace, molekulovou dynamiku a další výpočty
Kriticky hodnotit výstupy z molekulového modelování v literatuře
Samostatně zpracovávat rozsáhlou literární rešerši a spravovat bibliografické citace v programu EndNote
Literature -
Last update: Kubová Petra Ing. (29.01.2018)
R: Young D. C.: Computational Chemistry, John Wiley & Sons, Inc., 2002, 0471220655
A: Caffery M. L., Dobosh P. A., Richardson D. M.: Laboratory Excercises Using HyperChem, HyperCube, Inc., 1998, 1-896164-30-7
Last update: MORAVCOJ (01.03.2018)
Z: Young D. C.: Computational Chemistry, John Wiley & Sons, Inc., 2002, 0471220655
D: Caffery M. L., Dobosh P. A., Richardson D. M.: Laboratory Excercises Using HyperChem, HyperCube, Inc., 1998, 1-896164-30-7
Vlastní rešerše na zadané téma
Learning resources -
Last update: Kubová Petra Ing. (29.01.2018)
Own tutors for some modeling task
http://www.vscht.cz/lam/new/InformaceProStudenty
Last update: MORAVCOJ (01.03.2018)
Raich I.: Průvodci k některým úlohám z molekulového modelování, dostupné na webových stránkách ústavu
Syllabus -
Last update: Raich Ivan doc. Dr. Ing. (01.03.2018)
1. MS Word for creation of long scientific documents, formatting of characters, paragraphs, styles, templates
2. Language settings, custom dictionaries, tabulators, tables, text flow, word division, line and page breaks
3. Numbering of headings, references, tables, schemes, equations
4. Absolute and relative addressing in Excel, pivot tables and charts
5. Optimizations and Solver in Excel, matrix formulae
6. Basics of EndNote, libraries structure
7. Modification of EndNote styles and filters, import and export of citations, MS Word add-in
8. Basics of molecular modeling, viewing structures, rendering, displaying and editing of structural parameters
9. Displaying proteins and other biopolymers, rendering, abstraction and hiding
10. Construction of molecule models, specification of stereochemistry, geometry optimizations and local minima problem
Odevzdání projektu se seznamem původní literatury vyhledané v databázích v požadovaném formátu zpracovaném v softwaru EndNote na téma zadané budoucím vedoucím DP. Diskuze a obhajoba projektu.