Students will be able to:

Use MS Word for writing and editing long scientific documents

Use MS Excel for processing large data and optimization

Build and inspect 3D models of various compounds including biopolymers

Perform geometric optimizations, molecular dynamics and other calculations

Critically evaluate outputs of molecular modeling in literature

Independently create a large literature survey and proces bibliographies in EndNote

Studenti budou umět:

Používat MS Word při psaní a úpravě dlouhých odborných dokumentů

Používat MS Excel při zpracování velmi rozsáhlých dat a optimalizacích

Konstruovat a prohlížet 3D modely nejrůznějších látek včetně biopolymerů

Provádět geometrické optimalizace, molekulovou dynamiku a další výpočty

Kriticky hodnotit výstupy z molekulového modelování v literatuře

Samostatně zpracovávat rozsáhlou literární rešerši a spravovat bibliografické citace v programu EndNote

R: Young D. C.: Computational Chemistry, John Wiley & Sons, Inc., 2002, 0471220655

A: Caffery M. L., Dobosh P. A., Richardson D. M.: Laboratory Excercises Using HyperChem, HyperCube, Inc., 1998, 1-896164-30-7

Z: Young D. C.: Computational Chemistry, John Wiley & Sons, Inc., 2002, 0471220655

D: Caffery M. L., Dobosh P. A., Richardson D. M.: Laboratory Excercises Using HyperChem, HyperCube, Inc., 1998, 1-896164-30-7

Vlastní rešerše na zadané téma

Own tutors for some modeling task

http://www.vscht.cz/lam/new/InformaceProStudenty

Raich I.: Průvodci k některým úlohám z molekulového modelování, dostupné na webových stránkách ústavu

1. MS Word for creation of long scientific documents, formatting of characters, paragraphs, styles, templates

2. Language settings, custom dictionaries, tabulators, tables, text flow, word division, line and page breaks

3. Numbering of headings, references, tables, schemes, equations

4. Absolute and relative addressing in Excel, pivot tables and charts

5. Optimizations and Solver in Excel, matrix formulae

6. Basics of EndNote, libraries structure

7. Modification of EndNote styles and filters, import and export of citations, MS Word add-in

8. Basics of molecular modeling, viewing structures, rendering, displaying and editing of structural parameters

9. Displaying proteins and other biopolymers, rendering, abstraction and hiding

10. Construction of molecule models, specification of stereochemistry, geometry optimizations and local minima problem

11. Editing structural parameters, conformational changes, constrained geometry optimizations

12. Molecular dynamics, Monte Carlo, simulated annealing, periodic box and its construction

13. Calculations of charges and orbitals, HOMO, LUMO, prediction of selectivity of cycloaddition reactions

14. Calculations of spectral and other properties

1. MS Word pro práci s dlouhými odbornými dokumenty, formátování znaků, odstavců, styly, šablony

2. Jazyková kontrola, vlastní slovníky, tabulátory, tabulky, tok textu, dělení slov, zalamování řádek a stránek

3. Číslování nadpisů, literatury, tabulek, schémat, rovnic

4. Absolutní a relativní adresování v Excelu, kontingenční tabulky a grafy

5. Optimalizace a řešitel v Excelu, maticové vzorce

6. Práce s programem EndNote, struktura knihoven

7. Úprava stylů a filtrů v EndNote, import a export citací, spolupráce s MS Wordem

8. Základy molekulárního modelování, zobrazení struktur, rendering, zobrazení a editace strukturních parametrů

9. Zobrazení proteinů a dalších biopolymerů, rendering a abstrakce při jejich zobrazení

10. Konstrukce molekul, specifikace stereochemie, geometrické optimalizace a problém lokálních minim

11. Editace strukturních parametrů, konformační změny, geometrické optimalizace se strukturními omezeními

12. Molekulová dynamika, Monte Carlo, simulované žíhání, periodický box a jeho konstrukce

13. Výpočty nábojů a orbitalů, HOMO, LUMO, predikce výsledků cykloadičních reakcí

14. Výpočty spektrálních a dalších vlastností

Applications of Computer Science

Chemical informatics

Aplikace výpočetní techniky (Výpočetní technika)

Chemická informatika (Chemoinformatika)

Odevzdání projektu se seznamem původní literatury vyhledané v databázích v požadovaném formátu zpracovaném v softwaru EndNote na téma zadané budoucím vedoucím DP. Diskuze a obhajoba projektu.