Subjects

Last update: Raich Ivan doc. Dr. Ing. (01.03.2018)

The course in the introduction familiarizes with the advanced functions in MS Word, MS Excel and EndNote for the creation of long scientific documents, processing of large tabular data and optimizations and storing bibliographic references and processing of literature searches, respectively. However, it primarily introduces the basics of molecular modeling, construction and editing of a 3D structure of molecules, and depiction of various molecular properties. Within a separate project, students process and submit a literature search on a topic assigned by diploma thesis supervisor.

Last update: Raich Ivan doc. Dr. Ing. (01.03.2018)

Předmět v úvodu seznamuje s pokročilými funkcemi v programech MS Word, MS Excel a EndNote při vytváření dlouhých odborných dokumentů, při zpracování rozsáhlých tabulkových dat a optimalizacích a při práci s bibliografickými citacemi a zpracování rešerší. Především však seznamuje se základy molekulárního modelování, konstrukcí a úpravou 3D struktury molekul a výpočty a zobrazením nejrůznějších molekulových vlastností. V rámci samostatného projektu studenti zpracovávají a odevzdávají literární rešerši na téma zadané školitelem DP.

Last update: Raich Ivan doc. Dr. Ing. (01.03.2018)

Students will be able to:

Use MS Word for writing and editing long scientific documents

Use MS Excel for processing large data and optimization

Build and inspect 3D models of various compounds including biopolymers

Perform geometric optimizations, molecular dynamics and other calculations

Critically evaluate outputs of molecular modeling in literature

Independently create a large literature survey and proces bibliographies in EndNote

Last update: Raich Ivan doc. Dr. Ing. (01.03.2018)

Studenti budou umět:

Používat MS Word při psaní a úpravě dlouhých odborných dokumentů

Používat MS Excel při zpracování velmi rozsáhlých dat a optimalizacích

Konstruovat a prohlížet 3D modely nejrůznějších látek včetně biopolymerů

Provádět geometrické optimalizace, molekulovou dynamiku a další výpočty

Kriticky hodnotit výstupy z molekulového modelování v literatuře

Samostatně zpracovávat rozsáhlou literární rešerši a spravovat bibliografické citace v programu EndNote

Last update: Kubová Petra Ing. (29.01.2018)

R: Young D. C.: Computational Chemistry, John Wiley & Sons, Inc., 2002, 0471220655

A: Caffery M. L., Dobosh P. A., Richardson D. M.: Laboratory Excercises Using HyperChem, HyperCube, Inc., 1998, 1-896164-30-7

Last update: MORAVCOJ (01.03.2018)

Z: Young D. C.: Computational Chemistry, John Wiley & Sons, Inc., 2002, 0471220655

D: Caffery M. L., Dobosh P. A., Richardson D. M.: Laboratory Excercises Using HyperChem, HyperCube, Inc., 1998, 1-896164-30-7

Vlastní rešerše na zadané téma

Last update: Kubová Petra Ing. (29.01.2018)

Own tutors for some modeling task

http://www.vscht.cz/lam/new/InformaceProStudenty

Last update: MORAVCOJ (01.03.2018)

Raich I.: Průvodci k některým úlohám z molekulového modelování, dostupné na webových stránkách ústavu

Last update: Raich Ivan doc. Dr. Ing. (01.03.2018)

1. MS Word for creation of long scientific documents, formatting of characters, paragraphs, styles, templates

2. Language settings, custom dictionaries, tabulators, tables, text flow, word division, line and page breaks

3. Numbering of headings, references, tables, schemes, equations

4. Absolute and relative addressing in Excel, pivot tables and charts

5. Optimizations and Solver in Excel, matrix formulae

6. Basics of EndNote, libraries structure

7. Modification of EndNote styles and filters, import and export of citations, MS Word add-in

8. Basics of molecular modeling, viewing structures, rendering, displaying and editing of structural parameters

9. Displaying proteins and other biopolymers, rendering, abstraction and hiding

10. Construction of molecule models, specification of stereochemistry, geometry optimizations and local minima problem

11. Editing structural parameters, conformational changes, constrained geometry optimizations

12. Molecular dynamics, Monte Carlo, simulated annealing, periodic box and its construction

13. Calculations of charges and orbitals, HOMO, LUMO, prediction of selectivity of cycloaddition reactions

14. Calculations of spectral and other properties

Last update: Raich Ivan doc. Dr. Ing. (01.03.2018)

1. MS Word pro práci s dlouhými odbornými dokumenty, formátování znaků, odstavců, styly, šablony

2. Jazyková kontrola, vlastní slovníky, tabulátory, tabulky, tok textu, dělení slov, zalamování řádek a stránek

3. Číslování nadpisů, literatury, tabulek, schémat, rovnic

4. Absolutní a relativní adresování v Excelu, kontingenční tabulky a grafy

5. Optimalizace a řešitel v Excelu, maticové vzorce

6. Práce s programem EndNote, struktura knihoven

7. Úprava stylů a filtrů v EndNote, import a export citací, spolupráce s MS Wordem

8. Základy molekulárního modelování, zobrazení struktur, rendering, zobrazení a editace strukturních parametrů

9. Zobrazení proteinů a dalších biopolymerů, rendering a abstrakce při jejich zobrazení

10. Konstrukce molekul, specifikace stereochemie, geometrické optimalizace a problém lokálních minim

11. Editace strukturních parametrů, konformační změny, geometrické optimalizace se strukturními omezeními

12. Molekulová dynamika, Monte Carlo, simulované žíhání, periodický box a jeho konstrukce

13. Výpočty nábojů a orbitalů, HOMO, LUMO, predikce výsledků cykloadičních reakcí

14. Výpočty spektrálních a dalších vlastností

Last update: Kubová Petra Ing. (29.01.2018)

Applications of Computer Science

Chemical informatics

Last update: Kubová Petra Ing. (29.01.2018)

Aplikace výpočetní techniky (Výpočetní technika)

Chemická informatika (Chemoinformatika)

Last update: MORAVCOJ (01.03.2018)

Odevzdání projektu se seznamem původní literatury vyhledané v databázích v požadovaném formátu zpracovaném v softwaru EndNote na téma zadané budoucím vedoucím DP. Diskuze a obhajoba projektu.