Students will be able to:

Predict protein structures at different level of homology proteins with known 3D structure, predict structures of protein-ligand complexes and strengths of interactions, simulate protein dynamics including systems containing non-standard residues and modifications, application of enhanced sampling methods.

Studenti budou umět:

Předpovídat struktury proteinů s různým stupněm podobnosti k proteinům se známou prostorovou strukturou, předpovídat struktury komplexů protein-ligand a sílu odpovídajících interakcí, simulovat dynamiku proteinů včetně systémů obsahující nestandardní residua a modifikace, využívat metody zlepšující vzorkování.

R:Eswar N., Eramian D., Webb B., Shen M.Y., Sali A.: Protein structure modeling with MODELLER. Methods Mol. Biol. 426, 145-159, 2008 (http://salilab.org/pdf/Eswar_MethodsMolBiol_2008.pdf, 8.11.2012, ISSN: 1064-3745)

R:Yuriev E., Agostino M., Ramsland P.A.: Challenges and advances in computational docking: 2009 in review. J. Mol. Recognit. 24, 149-164 (2011), ISSN: 1099-1352.

R:Berk Hess, David van der Spoel, and Erik Lindahl. GROMACS user manual, Version 4.5.4. The GROMACS development teams at the Royal Institute of Technology and Uppsala University, Sweden (http://www.gromacs.org/@api/deki/files/152/=manual-4.5.4.pdf, 8.1.2012, without ISBN)

Z:Eswar N., Eramian D., Webb B., Shen M.Y., Sali A.: Protein structure modeling with MODELLER. Methods Mol. Biol. 426, 145-159, 2008 (http://salilab.org/pdf/Eswar_MethodsMolBiol_2008.pdf, 8.11.2012, ISSN: 1064-3745)

Z:Yuriev E., Agostino M., Ramsland P.A.: Challenges and advances in computational docking: 2009 in review. J. Mol. Recognit. 24, 149-164 (2011), ISSN: 1099-1352.

Z:Berk Hess, David van der Spoel, and Erik Lindahl. GROMACS user manual, Version 4.5.4. The GROMACS development teams at the Royal Institute of Technology and Uppsala University, Sweden (http://www.gromacs.org/@api/deki/files/152/=manual-4.5.4.pdf, 8.1.2012, bez ISBN)

http://web.vscht.cz/spiwokv/struktbio/

http://web.vscht.cz/spiwokv/struktbio/

1. Structure of proteins and other biomolecules, structure description

2. Use of programs in UNIX environment, secure shell

3. Prediction of protein structures - homology modelling

4. Prediction of protein structures - advanced topics

5. Protein-ligand docking

6. Virtual screening of ligands

7. Protein-protein docking

8. Simulation of molecular dynamics of proteins

9. Force field customization

10. Simulation of molecular dynamics of nucleic acids and saccharides

11. Biassing - metadynamics

12. Biassing - paralel tempering

13. Simulation of protein folding

14. Other methods of structural bioinformatics

1. Struktura proteinů a dalších biomolekul, zápis struktury

2. Práce s programy v prostředí UNIX, secure shell

3. Predikce struktur proteinů - homologní modelování

4. Predikce struktur proteinů - složitější příklady

5. Protein-ligand docking

6. Virtuální screening ligandů

7. Protein-protein docking

8. Simulace molekulové dynamiky proteinů

9. Silová pole - nestandardní záležitosti

10. Simulace molekulové dynamiky nukleových kyselin a sacharidů

11. Urychlování - metadynamika

12. Urychlování - paralelní temperování

13. Simulace sbalování proteinů

14. Ostatní metody používané ve strukturní bioinformatice

Essential Bioinformatics

Základy bioinformatiky