Students will be able to:

Independently conduct and properly record particular experiment. Isolate specific DNA molecules from cells and conduct their analysis through restriction digestion and nucleotide sequencing.

Conduct and interpret basic of electrophoretic DNA and protein analyses.

Understand the importance specific working procedures in molecular biology laboratory and will be knowledgeable in options allowing optimizing selected parameters of the experiments introduced during the course.

Student bude umět:

Samostatně vést předmětný experiment a záznamy o něm. Připravit preparáty specifické DNA z buněk i in vitro a vést jejich základní analýzu pomocí štěpení restrikčními endonukleasami a stanovení nukleotidové sekvence. Připravit a vést a interpretovat základní elektroforetické analýzy DNA a proteinů. Osvojí si základní pracovní návyky specifické pro experimentální práci v molekulárně-biologické laboratoři a bude se orientovat v možnostech změn (optimalizací) některých základních parametrů experimentu.

R: Ruml T., Rumlová M., Pačes V., Genové inženýrství, VŠCHT Praha, 2002, 9788070804995

Z: Ruml T., Rumlová M., Pačes V., Genové inženýrství, VŠCHT Praha, 2002, 9788070804995

manufacturers´s protocols and instructions and tips at http://www.protocol-online.org/

návody a protokoly výrobců pomůcek a souprav na http://www.protocol-online.org/

1. Operational safety in laboratory, good laboratory practice and recording an experiment

2. Introduction to course organization and the proper use of specific labware and chemicals

3. Small-scale izolation of plasmid DNA

4. Restriction digestion of plasmid DNA

5. Electrophoretic analysis of the fragments of digested plasmid

6. Polymerase chain reaction (PCR)

7. Electrophoretic analysis to verify a PCR amplicon correct

8. DNA sequencing reaction

9. Analysis of sequencing products and reading the DNA sequence

10. Preparation of an extract from cells producing a recombinant protein

11. Electrophoretic separation of cell-free extract and of isolated recombinant protein

12. Recording and interpretation of the electrophoreogram of separated proteins

13. Discussion about optional experimental settings and their impact on results

14. Completion of final report

1. Bezpečná práce v laboratoři, správná laboratorní praxe a záznam o vedeném experimentu

2. Seznámení s organizací práce a zásadami používání specifických pomůcek a reagencií

3. Izolace plasmidové DNA v malém měřítku

4. Restriční štěpení plasmidové DNA

5. Elektroforetická analýza štěpeného plasmidu

6. Polymerasová řetězová reakce (PCR)

7. Elektroforetické ověření správnosti amplikonu PCR

8. Reakce pro sekvenování DNA

9. Analýza produktů sekvenační reakce a čtení sekvence DNA

10. Příprava buněčného extraktu producenta rekombinantního proteinu

11. Elektroforetický separace buněčného extraktu a izolovaného rekombinantního proteinu

12. Zaznamenání a interpretace výsledku separace proteinů

13. Diskuse možností změn podmínek experimentů a jejich vlivu na výsledek

14. Zpracování výsledků do závěrečného protokolu

none

nejsou