J. Xiong, Essential Bioinformatics, Cambridge University Press 2006, ISBN 0521600820

J.-M. Claverie, C. Notredame, Bioinformatics For Dummies, For Dummies 2006, ISBN 0470089857

M. Zvelebil, J. Baum, Understanding Bioinformatics, Garland Science 2007, ISBN 0815340249

F. Cvrčková, Úvod do praktické bioinformatiky, Academia Praha 2006, ISBN 8020013601

J. Xiong, Essential Bioinformatics, Cambridge University Press 2006, ISBN 0521600820

J.-M. Claverie, C. Notredame, Bioinformatics For Dummies, For Dummies 2006, ISBN 0470089857

M. Zvelebil, J. Baum, Understanding Bioinformatics, Garland Science 2007, ISBN 0815340249

K zápočtu a ke zkoušce bude požadováno:

1. Test v polovině semestru

2. Písemná zkouška

1) Background basics I - Structure of DNA and RNA. The central dogma.

Gene structure and control.

2) Background basics II - Evolution. Protein structure and its

implication for bioinformatics. Dealing with databases.

3) Sequence alignment I - Pairwise sequence alignment. Similarity

database searching.

4) Sequence alignment II - Multiple sequence alignment. Profiles and

Hidden Markov Models.

5) Genome characteristics - Gene Detection and Genome Annotation.

Promoter and regulatory element prediction.

6) Evolutionary processes - Recovering evolutionary history. Building

phylogenetic trees.

7) Structural bioinformatics I - Protein structure basics. Nucleic

acid structure basics.

8) Structural bioinformatics II - Prediction of protein structure

9) Structural bioinformatics III - Prediction of nucleic acids structure (RNA)

10) Proteome and gene expression analysis

11) High throughput screening experiments and their analysis

12) Data mining in bioinformatics

13) Biomedical text mining

Biologické základy I - Centrální dogma molekulární biologie, úvod do buněčné biologie - mitóza a meióza

Biologické základy II - Klasická genetika, úvod do evoluční biologie

Úvod do genomiky, sekvenování genomu

Přiřazení sekvencí I - Párové přiřazení, prohledávání sekvenčních databází (BLAST)

Přiřazení sekvencí II - mnohočetné přiřazení, profily a skryté Markovovy modely

Vlastnosti genomu I - Detekce genů, anotace genomu

Vlastnosti genomu II - Predikce promoterů a regulačních elementů

Evoluční procesy - Fylogenetické stromy

Strukturní bioinformatika I - Struktura DNA, RNA a proteinů

Strukturní bioinformatika II - Predikce struktury proteinů

Strukturní bioinformatika III - Predikce struktury nukleových kyselin

Analýza genové exprese

Forenzní analýza DNA