Student will understand the basics of microbial processes proceeding in the environment and their implications for maintaining equilibrium in the biosphere. In addition, students will acquire both theoretical and practical knowledge in the field of microbial diversity analyses.

Student po absolvování předmětu bude rozumět mikrobiální podstatě důležitých procesů probíhajících v životním prostředí a jejich významu pro udržení rovnováhy v biosféře. Zároveň si osvojí teoretické i praktické znalosti a dovednosti v oblasti analýzy mikrobiální diversity.

Presentation on selected topic

Oral exam

Přednesení příspěvku na vybrané téma

Z: Michael T. Madigan,‎ Kelly S. Bender,‎ Daniel H. Buckley,‎ W. Matthew Sattley,‎ David A. Stahl: Brock Biology of Microorganisms; Pearson 2017. ISBN-13: 978-0134261928, ISBN-10: 0134261925

Z: Eugene L. Madsen: Environmental Microbiology: From Genomes to Biogeochemistry; John Wiley & Sons 2011. ISBN 1444357980, 9781444357981

Z: Terry Gentry, Raina M. Maier, Ian L. Pepper, Charles P. Gerba: Environmental Microbiology; Academic Press 2008. ISBN 0123705193, 9780123705198.

D: Wen-Tso Liu, Janet K. Jansson: Environmental Molecular Microbiology; Horizon Scientific Press 2010. ISBN 1904455522, 9781904455523.

Z: Michael T. Madigan,‎ Kelly S. Bender,‎ Daniel H. Buckley,‎ W. Matthew Sattley,‎ David A. Stahl: Brock Biology of Microorganisms; Pearson 2017. ISBN-13: 978-0134261928, ISBN-10: 0134261925

Z: Eugene L. Madsen: Environmental Microbiology: From Genomes to Biogeochemistry; John Wiley & Sons 2011. ISBN 1444357980, 9781444357981

Z: Terry Gentry, Raina M. Maier, Ian L. Pepper, Charles P. Gerba: Environmental Microbiology; Academic Press 2008. ISBN 0123705193, 9780123705198.

D: Wen-Tso Liu, Janet K. Jansson: Environmental Molecular Microbiology; Horizon Scientific Press 2010. ISBN 1904455522, 9781904455523.

1. Biosphere formation.

2.-3. Microbial diversity and its levels, analysis of microbial diversity, phylogenetic markers, metagenomics and other "-omics" in environmental microbiology.

4. Microbial fueling.

5. Structure and organization of microbial communities.

6. Microbial interactions.

7. Communication of microorganisms, quorum sensing, biofilms.

8.-10. Biogeochemical cycles of carbon, nitrogen, sulfur, iron, halogens, role of microorganisms in these cycles, biocorosion.

11. Contamination of the environment, classification of pollutants, persistent organic pollutants.

12. Metabolic logic, cometabolism, evolution of biodegradation pathways, biodegradation of persistent compounds.

13. Bioremediation - methods using microorganisms to remove xenobiotics from the environment.

14. New trends in environmental microbiology.

1. Vznik a vývoj biosféry.

2.-3. Mikrobiální diverzita a její úrovně, analýza mikrobiální diverzity, fylogenetické markery, metagenomika a další "-omiky" v environmentální mikrobiologii.

4. Energetický metabolizmus mikrobiální buňky.

5. Struktura a organizace mikrobiálních komunit.

6. Vzájemné vztahy a interakce mikroorganismů.

7. Komunikace mikroorganizmů, quorum sensing a význam tvorby biofilmů.

8.-10. Biogeochemické cykly uhlíku, dusíku, síry, železa, halogenů, úloha mikroorganizmů v těchto cyklech, biokoroze.

11. Kontaminace životního prostředí, klasifikace polutantů, vymezení perzistentních sloučenin.

12. Logika uspořádání biodegradačních drah mikroorganismů, kometabolizmusvývoj biodegradačních drah, biodegradace perzistentních látek.

13. Bioremediace – metody a postupy využívající mikroorganizmy pro odstraňování xenobiotik z životního prostředí.

14. Nové trendy v mikrobiologii životního prostředí.

https://www.frontiersin.org/journals/microbiology

http://www.nature.com/ismej/index.html

http://eu.wiley.com/WileyCDA/WileyTitle/productCd-EMI.html

http://aem.asm.org/

http://rdp.cme.msu.edu

http://umbbd.ethz.ch/

http://fungene.cme.msu.edu

https://www.frontiersin.org/journals/microbiology

http://www.nature.com/ismej/index.html

http://eu.wiley.com/WileyCDA/WileyTitle/productCd-EMI.html

http://aem.asm.org/

http://rdp.cme.msu.edu

http://umbbd.ethz.ch/

http://fungene.cme.msu.edu

Biochemistry

Microbiology

základní znalosti biochemie a mikrobiologie v rozsahu vyučovaném v bakalářském SP na VŠCHT