Student will be introduced to modern facts and methodology in advanced microscopy of biological objects, she/he will obtain an overview of possible techniques, which allows her/him more qualified decisions in scientific research activities.

Student se seznámí s moderními poznatky a metodikou v pokročilé mikroskopii biologických objektů, získá přehled o základech použitelných technik, což mu umožní kvalifikované rozhodnutí, kterou z nich zvolit při vědeckovýzkumné činnosti.

Active presence of the student on the lectures.

More then 50% from the final test.

Aktivní účast studenta na přednáškách.

Skóre v závěrečném testu nad 50%.

Scientific papers and online books from the portfolio of Nature Research, AAAS and others.

Reviews in Fluorescence, Geddes, Chris D., Lakowicz, Joseph R., Springer, ISSN: 1573-8086

Fluorescence Imaging and Biological Quantification, Raquel Seruca, Jasjit S. Suri, J. Miquel Sanches, CRC Press, ISBN: 9781498737043

Fluorescence Microscopy: From Principles to Biological Applications, 2nd Edition,Ulrich Kubitscheck, Wiley-Blackwell, ISBN: 978-3-527-33837-5

Advanced Fluorescence Microscopy Methods and Protocols, Verveer, Peter J., Springer, ISBN: 978-1-4939-2080-8

Super-resolution microscopy collection, Nature

web pages of microscopic companies (Zeiss, Leica, Olympus, Nikon), for example

http://zeiss-campus.magnet.fsu.edu/tutorials/

https://www.microscopyu.com/tutorials

Vědecké práce a online knihy z portfolia Nature Research, AAAS a dalších.

Reviews in Fluorescence, Geddes, Chris D., Lakowicz, Joseph R., Springer, ISSN: 1573-8086

Fluorescence Imaging and Biological Quantification, Raquel Seruca, Jasjit S. Suri, J. Miquel Sanches, CRC Press, ISBN: 9781498737043

Fluorescence Microscopy: From Principles to Biological Applications, 2nd Edition,Ulrich Kubitscheck, Wiley-Blackwell, ISBN: 978-3-527-33837-5

Advanced Fluorescence Microscopy Methods and Protocols, Verveer, Peter J., Springer, ISBN: 978-1-4939-2080-8

Super-resolution microscopy collection, Nature

webové stránky výrobců mikroskopů (Zeiss, Leica, Olympus, Nikon), např.

http://zeiss-campus.magnet.fsu.edu/tutorials/

https://www.microscopyu.com/tutorials

Lectures, professional debate, self-study, excursion.

Přednášky, odborná rozprava, samostudium, exkurse.

Fluorescence microscopy as a specific part of optical microscopy, quantification of fluorescence, fluorescent tags.

Confocal, multiphoton and correlation microscopy.

The application of fluorescence microscopy - FRAP (Fluorescence Recovery After Photobleaching), FRET (Förster Resonance Energy Transfer)

The application of fluorescence microscopy - TIRF (Total Internal Reflection Fluorescence), SIM (Structured Illumination Microscopy)

The application of fluorescence microscopy - PALM (PhotoActivated Localization Microscopy), STORM (Stochastic Optical Reconstruction Microscopy)

The application of fluorescence microscopy - STED (Stimulated Emission Depletion microscopy), FLIM (Fluorescence-Lifetime Imaging Microscopy).

Image analysis – parameter ajdustment before acquisition, software for image processing and analysis – deconvolution, 3D visualization, colocalization, tracking, correction of chromatic abberations.

Fluorescenční mikroskopie jako specifická část optické mikroskopie, kvantifikace fluorescence, používané fluorescenční značky.

Konfokální, multifotonová a korelační mikroskopie.

Aplikace fluorescenční mikroskopie - FRAP (Fluorescence Recovery After Photobleaching), FRET (Förster Resonance Energy Transfer)

Aplikace fluorescenční mikroskopie - TIRF (Total Internal Reflection Fluorescence), SIM (Structured Illumination Microscopy)

Aplikace fluorescenční mikroskopie - PALM (PhotoActivated Localization Microscopy), STORM (Stochastic Optical Reconstruction Microscopy)

Aplikace fluorescenční mikroskopie - STED (Stimulated Emission Depletion microscopy), FLIM (Fluorescence-Lifetime Imaging Microscopy)

Analýza obrazu – úprava parametrů obrazu před snímáním, sofware pro zpracování a analýzu - dekonvoluce, 3D vizualizace, kolokalizace, tracking, korekce chromatických aberací.

Basic knowledge in the field of optics and microscopic techniques.

Základní znalosti optiky a mikroskopických technik.