Students will be able to practically apply the knowledge from the field of:

• microorganism taxonomy,

• metabolism and genetic,

• both theoretical and practical basic laboratory techniques used for determination and characterization of microorganisms.

Studenti budou umět:

rozdělení mikroorganismů, základy taxonomie mikroorganismů, metabolismu a genetiky,

principy stanovení a metabolické aktivity mikroorganismů,

základní laboratorní techniky používané pro stanovení a charakterizaci metabolické aktivity mikroorganismů.

Students must to undergo all laboratory tests, to write protocol under rules and to surrend it in term, to write a test and to obtain a minimum 50% of points and pass an oral examination.

Pro zakončení je nutná 100 % účast v laboratořích, odevzdání protokolu podle daných požadavků a v termínu, napsání testu minimálně na 50 % bodů a absolvování ústní zkoušky.

Pepper I.L., Gerba G.P., Gentry T.J. Environmental Microbiology. 3. vyd. Elsevier, 2015. ISBN 9780123946263

Pepper I.L., Gerba G.P., Gentry T.J. Environmental Microbiology. 3. vyd. Elsevier, 2015. ISBN 9780123946263

Rules to grant credit: student will attend laboratories and deliver report from laboratory praxis in term.

Rules to get exam: student will consist within syllabus of a written part and then listener will be interviewed orally.

Požadavky pro zápočet:

posluchač bude absolvovat laboratoře a odevzdá v termínu protokol z laboratorních cvičení.

Požadavky ke zkoušce:

posluchač bude skládat písemnou zkoušku a poté bude dotazován ústně v rozsahu sylabu.

1. Specification of the subject Microbiology in environment, basic microbiological terms, microbiological taxonomy.

2. Basic structure of microbial cells and their chemical content.

3. Metabolical processes in microorganism.

4. Influence of internal and external factors on growth and characteristics of microorganisms.

5. Nutrition of microorganisms. Growth curve.

6. Principles of both detection and enumeration of microorganisms by cultivation techniques. Sampling and sample storage.

7. Occurence and significance of microorganisms in environment and their detection.

8. Requirements on microbiological laboratory. General instructions for microbiological handling.

9. Laboratory experiments. Safe handling in microbiological laboratory. Preparation of sterile materials.

10. Laboratory experiments. Control of hygiene and laboratory sanitation by both cultivation and rapid techniques.

11. Laboratory experiments. Enumeration of bacteria, yeasts and moulds in soil sample.

12. Laboratory experiments. Enumeration of both culturable and indicator microorganisms in water sample.

13. Laboratory experiments. Isolation techniques. Sample preparation for light microscopy.

14. Laboratory experiments. Testing the effect of external factors on the growth of microorganisms.

1. Vymezení předmětu mikrobiologie v ochraně životního prostředí. Mikrobiologické názvosloví a taxonomie, rozdělení mikroorganismů a jejich specifikace.

2. Základní struktura mikrobiálních buněk (bakterie, kvasinky, plísně, prvoci, řasy a viry) a jejich chemické složení.

3. Mikrobiální metabolismus - základní rysy (rozklad sacharidů, lipidů a dusíkatých látek). Katabolické a anabolické procesy.

4. Vliv vnitřních a vnějších faktorů na růst a vlastnosti mikroorganismů.

5. Výživa mikroorganismů. Růstová křivka (růst v baňkách a v prostředí, fáze růstu a růstové konstanty, kontinuální kultivace).

6. Principy kultivačního stanovení mikroorganismů. Způsob odběru, úchovy a přípravy vzorku k rozboru.

7. Výskyt a význam mikroorganismů v životním prostředí, a způsob stanovení (horninové prostředí, voda, ovzduší) a identifikace.

8. Požadavky na mikrobiologickou laboratoř. Zásady práce v mikrobiologické laboratoři.

9. Laboratorní práce - Bezpečnost práce v mikrobiologické laboratoři. Příprava sterilních pomůcek, příprava a sterilizace ředících roztoků, kultivačních a diagnostických medií.

10. Laboratorní práce - Kontrola sanitace prostředí laboratoře a hygienických opatření kultivačními a rychlými metodami.

11. Laboratorní práce - Stanovení celkového počtu bakterií, kvasinek a plísní ve vzorku horninového prostředí.

12. Laboratorní práce - Stanovení celkového počtu kultivovatelných a indikátorových mikroorganismů ve vzorku vody.

13. Laboratorní práce - Izolační techniky mikroorganismů. Světelná mikroskopie nativních a barvených preparátů mikroorganismů.

14. Laboratorní práce - Sledování vlivu vnějších faktorů na růst mikroorganismů.

Chumchalová J., Kubal M., Šír M.: Practical exercies in environmental microbiology, VŠCHT Praha, updated learning text

Chumchalová J., Němec M., Kotoučková L., Páčová Z., Savická D., Kubátová A., Patáková P.: Miniatlas mikroorganismů (Miniatlas of microorganisms). http://old.vscht.cz/obsah/fakulty/fpbt/ostatni/miniatlas/index.htm

Chumchalová J., Kubal M., Šír M.: Praktická cvičení z environmentální mikrobiologie, VŠCHT Praha, aktualizovaný učební text

Chumchalová J., Němec M., Kotoučková L., Páčová Z., Savická D., Kubátová A., Patáková P.: Miniatlas mikroorganismů. http://old.vscht.cz/obsah/fakulty/fpbt/ostatni/miniatlas/index.htm

Basic knowledge from biology and microscopic techniques.

Základní znalosti z biologie a mikroskopování.