Students will be able to:

Use existing bioinformatics tools for their own work.

Understand the principles of the most important bioinformatics challenges.

Solve basic bioinformatics problems using Python programming language.

Studenti budou umět:

Používat běžně dostupné nástroje k řešení základních bioinformatických problémů.

Rozumět principu nejdůležitějších programátorských postupů používaných v bioinformatice.

Vyřešit základní bioinformatické problémy pomocí programovacího jazyka Python.

Students will be graded by the work done on home exercises and the presentation on the given subject.

Studenti získají klasifikovaný zápočet za přednášku na vybrané téma a vyřešení domácích úkolů.

R: Libeskind-Hadas, Ran; Bush, Eliot: "Computing for Biologists: Python Programming and Principles". Cambridge University Press, 2014. ISBN 978-1107642188

R: Mareš, Martin; Valla, Tomáš: "Průvodce labyrintem algoritmů". CZ.NIC, 2017. ISBN 978-80-88168-22-5

R: Jones, Neil C.; Pevzner, Pavel A.: "An Introduction to Bioinformatics Algorithms". The MIT Press, 2004. ISBN 978-0262101066

A: Antao, Tiago: "Bioinformatics with Python Cookbook". Packt Publishing, 2015. ISBN 978-1782175117

A: Wróblewski, Piotr: "Algoritmy". Computer Press, 2017. ISBN 978-80-251-4126

A: Bassi, Sebastian: "Python for Bioinformatics". Chapman and Hall/CRC, 2009. ISBN 978-1584889298

A: Compeau, Phillip; Pevzner, Pavel: "Bioinformatics Algorithms: An Active Learning Approach". Active Learning Publishers, 2014. ISBN 978-0990374602

A: Pilgrim, Mark: "Ponořme se do Python(u) 3". CZ.NIC, 2011. ISBN 978-80-904248-2-1

A: Stevens, Tim J.; Boucher, Wayne: "Python Programming for Biology: Bioinformatics and Beyond". Cambridge University Press, 2015. ISBN 978-0521720090

A: Haddock, Steven H.D.; Dunn, Casey W.: "Practical Computing for Biologists". Sinauer Associates, 2010. ISBN 978-0878933914

Z: Mareš, Martin; Valla, Tomáš: "Průvodce labyrintem algoritmů". CZ.NIC, 2017. ISBN 978-80-88168-22-5

Z: Pilgrim, Mark: "Ponořme se do Python(u) 3". CZ.NIC, 2011. ISBN 978-80-904248-2-1

Z: Zvárová J., Biomedicínská informatika V.- Metody molekulární biologie a bioinformatiky, Karolinum, 2013, ISBN: 9788024621500

Z: Jones, Neil C.; Pevzner, Pavel A.: "An Introduction to Bioinformatics Algorithms". The MIT Press, 2004. ISBN 978-0262101066

D: Wróblewski, Piotr: "Algoritmy". Computer Press, 2017. ISBN 978-80-251-4126

D: Libeskind-Hadas, Ran; Bush, Eliot: "Computing for Biologists: Python Programming and Principles". Cambridge University Press, 2014. ISBN 978-1107642188

D: Antao, Tiago: "Bioinformatics with Python Cookbook". Packt Publishing, 2015. ISBN 978-1782175117

D: Bassi, Sebastian: "Python for Bioinformatics". Chapman and Hall/CRC, 2009. ISBN 978-1584889298

D: Compeau, Phillip; Pevzner, Pavel: "Bioinformatics Algorithms: An Active Learning Approach". Active Learning Publishers, 2014. ISBN 978-0990374602

D: Stevens, Tim J.; Boucher, Wayne: "Python Programming for Biology: Bioinformatics and Beyond". Cambridge University Press, 2015. ISBN 978-0521720090

D: Haddock, Steven H.D.; Dunn, Casey W.: "Practical Computing for Biologists". Sinauer Associates, 2010. ISBN 978-0878933914

A graded credit: homeworks and presentation on the given subject

Klasifikovaný zápočet: domácí úkoly a přednáška na vybrané téma

1-2. Algorithm complexity II. Problémy třídy složitosti P a NP.

3-5. Protein folding. RNA structure.

6-8. Graph algorithms. Genome assembly.

9. Phylogenetics.

10. Genové regulatory networks.

11-14. Neural networks. Machine learning.

1-2. Náročnost algoritmů II. Problémy třídy složitosti P a NP.

3-5. Predikce sbalování bílkovin. Sekundární a terciální struktura RNA.

6-8. Grafové algoritmy. Skládání sekvencí.

9. Fylogenetické stromy.

10. Genové regulační sítě.

11-14. Neuronové sítě. Strojové učení.

web pages of the course at http://vyuka.ookami.cz

webové stránky předmětu na http://vyuka.ookami.cz

Practical Classes in Bioinformatics I

Praktikum z bioinformatiky I