|
|
|
||
|
Cílem předmětu je seznámit studenty se zpracováním hrubých sekvenačních dat a jejich následnou analýzou v
rámci genomiky, metagenomiky a transkriptomiky.
Last update: Kubová Petra (06.11.2023)
|
|
||
|
Studenti si osvojí praktické dovednosti v oblasti zpracování hrubých sekvenačních dat a jejich dalších zpracování, jako je anotace genomu, genome-binning, hledání sekvenčních motivů, taxonomická klasifikace a základy RNAseq analýzy. Last update: Strejček Michal (21.06.2023)
|
|
||
|
Vypracování projektu Last update: Strejček Michal (21.06.2023)
|
|
||
|
Z: Essential Bioinformatics. Jin Xiong. 2006, Cambridge University Press, ISBN 0521600820 Z: Introduction to Genomics. Arthur M. Lesk. 2012, Oxford University Press, 2nd Edition, ISBN 0198745893 Last update: Lipovová Petra (12.10.2023)
|
|
||
|
Předmět je zakončen písemnou zkouškou Last update: Lipovová Petra (09.08.2023)
|
|
||
|
1. Úvod do problematiky sekvenačních technik a práce se sekvencemi 2. Zpracování sekvencí získané pomocí Sangerovy metody 3. Základní formáty a vyhledávací nástroje sekvenčních dat 4. Vysokokapacitní sekvenování amplikonů - taxonomické markery 5. Sekvenace genomu - krátké, dlouhé a hybridní čtení 6. Anotace genomu 7. Taxonomie a fylogenetika 8. Cvičení z genomiky 9.-10. Metagenomika 11.-13. Transkriptomika 14. Konzultace projektu Last update: Kubová Petra (06.11.2023)
|