The course is an excursion to modern computational chemistry. Half of the course is devoted to the necessary theory, the other half are examples and exercises. The course covers the quantum tutorial (program Gaussian), molecular simulation (MACSIMUS), computer biochemistry (PyMOL) and the properties of substances.
Last update: Pátková Vlasta (15.01.2018)
Předmět je exkurzí do moderní počítačové chemie. Polovina předmětu je věnována nezbytné teorii, druhá polovina jsou ukázky a cvičení. Předmět pokrývá kvantovou chemii (se cvičením v programu Gaussian), molekulové simulace (MACSIMUS), počítačovou biochemii (PyMOL) a databáze vlastností látek.
Aim of the course -
Last update: Pátková Vlasta (15.01.2018)
Students will be able:
To btain overview of the methods of modern computational chemistry
To know when to use to solve problems by methods of quantum chemistry, molecular mechanics or molecular simulations
To have an overview of the capabilities of available software
Last update: Pátková Vlasta (15.01.2018)
Studenti budou umět:
Vyznat se v metodách moderní počítačové chemie
Poznat, kdy použít pro řešení problémů kvantovou chemii, kdy molekulovou mechaniku, kdy simulace
Mít přehled o schopnostech dostupného softwaru
Literature -
Last update: Pátková Vlasta (15.01.2018)
R: Atkins P.W., de Paula J., Physical Chemistry, Oxford University Press, 2010, 978-0-19-954337-3
R: Hayward D.O., Quantum mechanics for chemists, RSC Cambridge, 2002,0-85404-607-0
Z: Atkins P.W., de Paula J., Physical Chemistry, Oxford University Press, 2010, 978-0-19-954337-3
Z: Hayward D.O., Quantum mechanics for chemists, RSC Cambridge, 2002,0-85404-607-0
D: P. Atkins, J. de Paula: Fyzikální chemie, VŠCHT Praha (1. vydání, 2013), ISBN 978-80-7080-830-6
D: I. Nezbeda, J. Kolafa, M. Kotrla M., Úvod do počítačových simulací. Metody Monte Carlo a molekulární dynamiky, Karolinum, Praha (2. vydání, 2003), 80-246-0649-6