F. Cvrčková, Úvod do praktické bioinformatiky, Academia Praha 2006, ISBN 8020013601

J. Xiong, Essential Bioinformatics, Cambridge University Press 2006, ISBN 0521600820

J.-M. Claverie, C. Notredame, Bioinformatics For Dummies, For Dummies 2006, ISBN 0470089857

M. Zvelebil, J. Baum, Understanding Bioinformatics, Garland Science 2007, ISBN 0815340249

J. Xiong, Essential Bioinformatics, Cambridge University Press 2006, ISBN 0521600820

J.-M. Claverie, C. Notredame, Bioinformatics For Dummies, For Dummies 2006, ISBN 0470089857

M. Zvelebil, J. Baum, Understanding Bioinformatics, Garland Science 2007, ISBN 0815340249

K zápočtu a ke zkoušce bude požadováno:

1. Test v polovině semestru

2. Písemná zkouška

Biologické základy I - Centrální dogma molekulární biologie, úvod do buněčné biologie - mitóza a meióza

Biologické základy II - Klasická genetika, úvod do evoluční biologie

Úvod do genomiky, sekvenování genomu

Přiřazení sekvencí I - Párové přiřazení, prohledávání sekvenčních databází (BLAST)

Přiřazení sekvencí II - mnohočetné přiřazení, profily a skryté Markovovy modely

Vlastnosti genomu I - Detekce genů, anotace genomu

Vlastnosti genomu II - Predikce promoterů a regulačních elementů

Evoluční procesy - Fylogenetické stromy

Strukturní bioinformatika I - Struktura DNA, RNA a proteinů

Strukturní bioinformatika II - Predikce struktury proteinů

Strukturní bioinformatika III - Predikce struktury nukleových kyselin

Analýza genové exprese

Forenzní analýza DNA

1) Background basics I - Structure of DNA and RNA. The central dogma.

Gene structure and control.

2) Background basics II - Evolution. Protein structure and its

implication for bioinformatics. Dealing with databases.

3) Sequence alignment I - Pairwise sequence alignment. Similarity

database searching.

4) Sequence alignment II - Multiple sequence alignment. Profiles and

Hidden Markov Models.

5) Genome characteristics - Gene Detection and Genome Annotation.

Promoter and regulatory element prediction.

6) Evolutionary processes - Recovering evolutionary history. Building

phylogenetic trees.

7) Structural bioinformatics I - Protein structure basics. Nucleic

acid structure basics.

8) Structural bioinformatics II - Prediction of protein structure

9) Structural bioinformatics III - Prediction of nucleic acids structure (RNA)

10) Proteome and gene expression analysis

11) High throughput screening experiments and their analysis

12) Data mining in bioinformatics

13) Biomedical text mining