Procesy studované v molekulární biologii a genetice probíhají na různých délkových a časových škálách. Tématem kursu je modelování na mezoskopické úrovni, kde jsou atomy biomolekul sdruženy do větších celků. Studenti si nejprve prohloubí znalosti struktury a dynamiky nukleových kyselin, které budou důležitou aplikační oblastí kursu. Dále se probírají mezoskopické modely biomolekul a rozpouštědla, včetně potřebného matematického aparátu. Biomolekuly se často chovají jako stochastické systémy, přecházející mezi jednotlivými konformačními stavy. V kursu je proto zařazen i úvod do Markovových procesů a jejich algoritmické realizace. Případové studie představí vybrané problémy podle aktuální časopisecké literatury.
Poslední úprava: Svozil Daniel (23.05.2018)
Processes in molecular biology and genetics take place at different length and time scales. The course deals with modelling at the mesoscopic scale, where the atoms of the biomolecules are united in larger entities. Students will first deepen their knowledge of nucleic acid structure and dynamics, an important application field of the course. Mesoscopic models of biomolecules and the solvent, including the necessary mathematical tools, are then exposed. Biomolecules often behave as stochastic systems, exhibiting transitions between different conformational states. The course therefore also includes an introduction to Markov processes and their algorithmic realization. Case studies will present selected problems based on current journal literature.
Poslední úprava: Svozil Daniel (23.05.2018)
Podmínky zakončení předmětu (Další požadavky na studenta) -
Ústní zkouška
Poslední úprava: Svozil Daniel (23.05.2018)
Oral exam
Poslední úprava: Svozil Daniel (23.05.2018)
Literatura -
Z: J. N. Israelachvili, Intermolecular and surface forces. Elsevier 2011
Z: C. Gardiner, Stochastic methods. Springer 2009
D: L. E. Reichl, A modern course in statistical physics, Wiley 1998
Poslední úprava: Svozil Daniel (23.05.2018)
R: J. N. Israelachvili, Intermolecular and surface forces. Elsevier 2011
R: C. Gardiner, Stochastic methods. Springer 2009
D: L. E. Reichl, A modern course in statistical physics, Wiley 1998
Poslední úprava: Svozil Daniel (23.05.2018)
Sylabus -
1. Biomolekulární modelování v problémech molekulární biologie a genetiky
