Studenti budou umět:

• Ovládat základní principy sémantických databází (hlavně Resource Description Framework)

• Umět se dotazovat pomocí jazyka SPARQL

• Kombinovat data z více databází pomocí federovaných dotazů

• Rozumět datovým ontologiím zapisovaných v jazycích RDFS a OWL

• Používat konkrétní databáze a rozumět v nich používaným ontologiím

Students will know:

• Basics principles of semantic databases (in particular Resource Description Framework)

• The SPARQL query language to select data from databases

• Federated queries to combine data originating from different databases

• RDFS and OWL languages to understand data ontologies

• Selected chemical and biological databases and their ontologies

Ústní zkouška

Oral exam

Z: R. Cyganiak, D. Wood, M. Lanthaler, RDF 1.1 Concepts and Abstract Syntax, https://www.w3.org/TR/rdf11-concepts/.

Z: S. Harris, A. Seaborne, SPARQL 1.1 Query Language, https://www.w3.org/TR/sparql11-query/.

Z: P. Hitzler, M. Krötzsch, B. Parsia, P. F. Patel-Schneider, S. Rudolph, OWL 2 Web Ontology Language Primer (Second Edition), https://www.w3.org/TR/owl2-primer/.

D: D Brickley, R.V. Guha, RDF Schema 1.1, https://www.w3.org/TR/rdf-schema/.

D: S. Das, S. Sundara, R. Cyganiak, R2RML: RDB to RDF Mapping Language, https://www.w3.org/TR/r2rml/.

D: B. DuCharme, Learning SPARQL: Querying and Updating with SPARQL 1.1, O'Reilly Media 2013, ISBN 1449371434. (kniha)

R: R. Cyganiak, D. Wood, M. Lanthaler, RDF 1.1 Concepts and Abstract Syntax, https://www.w3.org/TR/rdf11-concepts/.

R: S. Harris, A. Seaborne, SPARQL 1.1 Query Language, https://www.w3.org/TR/sparql11-query/.

R: P. Hitzler, M. Krötzsch, B. Parsia, P. F. Patel-Schneider, S. Rudolph, OWL 2 Web Ontology Language Primer (Second Edition), https://www.w3.org/TR/owl2-primer/.

A: D Brickley, R.V. Guha, RDF Schema 1.1, https://www.w3.org/TR/rdf-schema/.

A: S. Das, S. Sundara, R. Cyganiak, R2RML: RDB to RDF Mapping Language, https://www.w3.org/TR/r2rml/.

A: B. DuCharme, Learning SPARQL: Querying and Updating with SPARQL 1.1, O'Reilly Media 2013, ISBN 1449371434. (book)

1. Základy Sémantického webu (Resource Description Framework)

2. Základy dotazovacího jazyka SPARQL

3. Pokročilé konstrukce jazyka SPARQL

4. Zpřístupnění relační databáze jako sémantické databáze (R2RML)

5. Existující implementace a frameworky (Jena, RDF4J, …)

6. Implementace vlastních rozšíření jazyka SPARQL

7. Jazyky pro zápis ontologií (RDFS, OWL, …)

8. Formáty pro zápis ontologií (RDF, XML, funkcionální nebo Manchester syntaxe)

9. Automatické odvozování nových dat (simple, RDF, RDFS a OWL entailment)

10. Obecně používané ontologie (DCMI, CiTO, …)

11. Ontologie používané v chemoinformatice (ChEBI, CHEMINF, …)

12. Ontologie používané v bioinformatice (GO, BioPAX, BAO, …)

13. Globální identifikace databázových entit

14. Související problémy interoperability chemických a biologických databází

1. Basics of the Semantic Web (Resource Description Framework)

2. Basics of the SPARQL query language

3. Advanced language constructions of SPARQL

4. Mapping from relational databases to RDF (R2RML)

5. Existing implementations and frameworks (Jena, RDF4J, …)

6. Implementation of user extensions to SPARQL

7. Ontology languages (RDFS, OWL, …)

8. Syntaxes for writing ontologies (RDF, XML, functional and Manchester syntax)

9. Automatic derivation of new data (simple, RDF, RDFS and OWL entailment)

10. Common ontologies (DCMI, CiTO, …)

11. Cheminformatics ontologies (ChEBI, CHEMINF, …)

12. Bioinformatics ontologies (GO, BioPAX, BAO, …)

13. Global identification of database entities

14. Related issues of chemical and biological database interoperability

Online materiály kursu

Online course materials

Žádné

None