|
|
|
||
Poslední úprava: Svozil Daniel prof. Mgr. Ph.D. (10.01.2018)
|
|
||
Poslední úprava: Svozil Daniel prof. Mgr. Ph.D. (10.01.2018)
Studenti budou umět: Připravit data vhodná k tvorbě evolučních a komparačních analýz Vytvářet fylogenetické stromy z DNA i z proteinových sekvencí Testovat kvalitu fylogenetických stromů Porozumí fylogenetickým algoritmům jako je UPGMA, WPGMA, Maximální parsimonie, Maximální věrohodnost Identifikovat mutace v zárodečných a somatických liniích Identifikovat malé i velké strukturní varianty Anotovat nalezené mutace a varianty |
|
||
Poslední úprava: Svozil Daniel prof. Mgr. Ph.D. (29.10.2018)
Z: Miloš Macholán: Základy fylogenetické analýzy, 978-80-210-6363-1, Masarykova univerzita Brno, 2014 Z: Relichová Jiřina: Genetika populací, ISBN 978-80-210-4795-2, Masarykova univerzita Brno, 2009 D: Flegr: Evoluční biologie. Academia, 2009 D: Mark Jobling, Edward Hollox, Toomas Kivisild, Chris Tyler-Smith: Human Evolutionary Genetics, Garland Science, 2014 D: Baum, D. A., & S. D. Smith. 2013. Tree-Thinking: An Introduction to Phylogenetic Biology. D: Philip W. Hedrick: Genetics of populations, ISBN 978-0763757373, Jones and Bartlett Publishers Sudbury, USA, 2009 |
|
||
Poslední úprava: Svozil Daniel prof. Mgr. Ph.D. (10.01.2018)
on-line kurzy https://github.com/schatzlab/appliedgenomics https://github.com/quinlan-lab/applied-computational-genomics |
|
||
Poslední úprava: Svozil Daniel prof. Mgr. Ph.D. (10.01.2018)
Zápočet: úlohy ze cvičení Zkouška: písemný test, následná ústní zkouška 50/50 |
|
||
Poslední úprava: Svozil Daniel prof. Mgr. Ph.D. (10.01.2018)
1. Molekulární fylogenetická analýza 2. Molekulární evoluce; evoluce genomů 3. Molekulární hodiny, UPGMA, WPGMA, neighbour joining 4. Fylogenetické stromy, evoluční modely 5. Metody konstrukce fylogenetických stromů, 6. Vyhodnocování kvality fylogenetických stromů 7. Lidský genom, lidská populace a její genetická variabilita 8. Míry genetické variability, Hardy-Weinbergova rovnováha 9. Genetický drift, migrace a izolace 10. Výpočetní metody měření selekce 11. Krátké genomové varianty a jejich hledání 12. Genetická onemocnění, mutace v zárodečné a somatické linii 13. Strukturní varianty 14. Anotace a interpretace genetických variant |
|
||
Poslední úprava: Svozil Daniel prof. Mgr. Ph.D. (10.01.2018)
Molekulární biologie/genetika, biochemie, Linux a příkazová řádka (bash), základy bioinformatiky. |
|
||
Poslední úprava: Svozil Daniel prof. Mgr. Ph.D. (26.01.2018)
Studenti získají zápočet za řešení úloh zadaných na cvičeních. Výsledná zkouška sestává z písemného testu a následné ústní zkoušky (hodnotí se 50:50). |
Zátěž studenta | ||||
Činnost | Kredity | Hodiny | ||
Účast na přednáškách | 1 | 28 | ||
Příprava na přednášky, semináře, laboratoře, exkurzi nebo praxi | 1 | 28 | ||
Příprava na zkoušku a její absolvování | 1 | 28 | ||
3 / 3 | 84 / 84 |