Databáze a počítačové nástroje v biochemickém výzkumu - M320015
Anglický název: Databases and computer tools in biochemical research
Zajišťuje: Ústav biochemie a mikrobiologie (320)
Platnost: od 2019
Semestr: letní
Body: letní s.:2
E-Kredity: letní s.:2
Způsob provedení zkoušky: letní s.:
Rozsah, examinace: letní s.:0/2 KZ [hodiny/týden]
Počet míst: neurčen / neomezen (neurčen)
Minimální obsazenost: neomezen
Jazyk výuky: čeština
Způsob výuky: prezenční
Úroveň:  
Pro druh: navazující magisterské
Garant: Šantrůček Jiří Ing. Ph.D.
Leonhardt Tereza Ing. Ph.D.
Záměnnost : N320040
Termíny zkoušek   Rozvrh   
Pro tento předmět jsou dostupné online materiály
Anotace -
Poslední úprava: Hladíková Jana (13.12.2017)
Tento předmět naplňuje tři cíle: seznamuje studenty se základními bioinformatickými přístupy a nástroji pro analýzy nukleotidových a proteinových sekvencí a se zásadami kritické interpretace získaných výstupů; poskytuje přehled možností využití získaných informací pro řešení experimentálního úkolu a zároveň poskytuje detailnější vhled do praktických aspektů souvisejících metod molekulární biologie a proteomiky, jejichž teoretické základy si posluchači osvojovali v předchozím studiu.
Výstupy studia předmětu -
Poslední úprava: Hladíková Jana (13.12.2017)

Studenti budou umět:

Využívat volně přístupné bioinformatické nástroje a databáze nukleových kyselin a proteinů.

Samostatně navrhnout strategii analýzy sekvencí a kriticky zhodnotit výsledky získané in silico a navrhnout cesty experimentálního potvrzení správnosti predikcí in silico.

S využitím výsledků analýz nukleotidových a proteinových sekvencí navrhnout schůdné řešení molekulárně-biologického experimentu.

Literatura -
Poslední úprava: Šantrůček Jiří Ing. Ph.D. (23.01.2018)

Z: Cvrčková F., Úvod do praktické bioinformatiky, Academia, 2006, ISBN 80-200-1360-1

D: Twyman R., Principles of Proteomics, Garland Science, 2013, ISBN 978-0815344728

D: Green M.R., Sambrook J., Molecular Cloning: A Laboratory Manual (4th ed.), Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2012, ISBN 1936113422

Studijní opory -
Poslední úprava: Šantrůček Jiří Ing. Ph.D. (23.01.2018)

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/

https://www.ebi.ac.uk/services

https://www.expasy.org/

https://www.uniprot.org/

https://omictools.com/

Sylabus -
Poslední úprava: Šantrůček Jiří Ing. Ph.D. (23.01.2018)

1. Bioinformatika, platformy pro získávání informací a vzájemná propojení databází.

2. Databáze a programy pro analýzy sekvencí nukleových kyselin.

3. Predikce funkce genu, promotoru a regulačních elementů.

4. Návrh a praktické aspekty provedení PCR.

5. Centrální dogma naruby - strategie izolace kódující sekvence.

6. Praktické aspekty a volba metod analýzy DNA a DNA vazebných proteinů.

7. Praktické aspekty a volba metod analýzy RNA a porovnání hladin transkriptů genů.

8. Proteomické servery a databáze. Nástroje pro porovnání sekvencí proteinů.

9. Předpověď modifikací proteinů in silico a experimentální ověření predikce.

10. Sekundární struktura a hydrofobní profil proteinu. Predikce a experimentální ověření.

11. Kvartérní struktura proteinu a oligomerizační stav. Predikce a experimentální ověření.

12. Membránové proteiny. Určení topologie proteinu v biologické membráně, povrchové vlastnosti proteinů a detergentů.

13. Nativní stav proteinu. Lokalizace a interakce proteinů v buňce.

14. Genové ontologie. Zpracování dat z proteomických experimentů.

Studijní prerekvizity -
Poslední úprava: Hladíková Jana (13.12.2017)

Molekulární biologie, Genové inženýrství

Podmínky zakončení předmětu -
Poslední úprava: Šantrůček Jiří Ing. Ph.D. (23.01.2018)

Předmět je ukončen vypracováním individuálního projektu a jeho obhajobou.

Zátěž studenta
Činnost Kredity Hodiny
Konzultace s vyučujícími 0,2 6
Obhajoba individuálního projektu 0,1 2
Práce na individuálním projektu 0,7 20
Účast na seminářích 1 28
2 / 2 56 / 56
Hodnocení studenta
Forma Váha
Obhajoba individuálního projektu 100