Studenti si osvojí praktické dovednosti v oblasti zpracování hrubých sekvenačních dat a jejich dalších zpracování, jako je anotace genomu, genome-binning, hledání sekvenčních motivů, taxonomická klasifikace a základy RNAseq analýzy.

Vypracování projektu

Z: Essential Bioinformatics. Jin Xiong. 2006, Cambridge University Press, ISBN 0521600820

Z: Introduction to Genomics. Arthur M. Lesk. 2012, Oxford University Press, 2nd Edition, ISBN 0198745893

Předmět je zakončen písemnou zkouškou

1. Úvod do problematiky sekvenačních technik a práce se sekvencemi

2. Zpracování sekvencí získané pomocí Sangerovy metody

3. Základní formáty a vyhledávací nástroje sekvenčních dat

4. Vysokokapacitní sekvenování amplikonů - taxonomické markery

5. Sekvenace genomu - krátké, dlouhé a hybridní čtení

6. Anotace genomu

7. Taxonomie a fylogenetika

8. Cvičení z genomiky

9.-10. Metagenomika

11.-13. Transkriptomika

14. Konzultace projektu