Studenti budou umět:

Předpovídat struktury proteinů s různým stupněm podobnosti k proteinům se známou prostorovou strukturou, předpovídat struktury komplexů protein-ligand a sílu odpovídajících interakcí, simulovat dynamiku proteinů včetně systémů obsahující nestandardní residua a modifikace, využívat metody zlepšující vzorkování.

Students will be able to:

Predict protein structures at different level of homology proteins with known 3D structure, predict structures of protein-ligand complexes and strengths of interactions, simulate protein dynamics including systems containing non-standard residues and modifications, application of enhanced sampling methods.

Z:Eswar N., Eramian D., Webb B., Shen M.Y., Sali A.: Protein structure modeling with MODELLER. Methods Mol. Biol. 426, 145-159, 2008 (http://salilab.org/pdf/Eswar_MethodsMolBiol_2008.pdf, 8.11.2012, ISSN: 1064-3745)

Z:Yuriev E., Agostino M., Ramsland P.A.: Challenges and advances in computational docking: 2009 in review. J. Mol. Recognit. 24, 149-164 (2011), ISSN: 1099-1352.

Z:Berk Hess, David van der Spoel, and Erik Lindahl. GROMACS user manual, Version 4.5.4. The GROMACS development teams at the Royal Institute of Technology and Uppsala University, Sweden (http://www.gromacs.org/@api/deki/files/152/=manual-4.5.4.pdf, 8.1.2012, bez ISBN)

R:Eswar N., Eramian D., Webb B., Shen M.Y., Sali A.: Protein structure modeling with MODELLER. Methods Mol. Biol. 426, 145-159, 2008 (http://salilab.org/pdf/Eswar_MethodsMolBiol_2008.pdf, 8.11.2012, ISSN: 1064-3745)

R:Yuriev E., Agostino M., Ramsland P.A.: Challenges and advances in computational docking: 2009 in review. J. Mol. Recognit. 24, 149-164 (2011), ISSN: 1099-1352.

R:Berk Hess, David van der Spoel, and Erik Lindahl. GROMACS user manual, Version 4.5.4. The GROMACS development teams at the Royal Institute of Technology and Uppsala University, Sweden (http://www.gromacs.org/@api/deki/files/152/=manual-4.5.4.pdf, 8.1.2012, without ISBN)

1. Struktura proteinů a dalších biomolekul, zápis struktury

2. Práce s programy v prostředí UNIX, secure shell

3. Predikce struktur proteinů - homologní modelování

4. Predikce struktur proteinů - složitější příklady

5. Protein-ligand docking

6. Virtuální screening ligandů

7. Protein-protein docking

8. Simulace molekulové dynamiky proteinů

9. Silová pole - nestandardní záležitosti

10. Simulace molekulové dynamiky nukleových kyselin a sacharidů

11. Urychlování - metadynamika

12. Urychlování - paralelní temperování

13. Simulace sbalování proteinů

14. Ostatní metody používané ve strukturní bioinformatice

1. Structure of proteins and other biomolecules, structure description

2. Use of programs in UNIX environment, secure shell

3. Prediction of protein structures - homology modelling

4. Prediction of protein structures - advanced topics

5. Protein-ligand docking

6. Virtual screening of ligands

7. Protein-protein docking

8. Simulation of molecular dynamics of proteins

9. Force field customization

10. Simulation of molecular dynamics of nucleic acids and saccharides

11. Biassing - metadynamics

12. Biassing - paralel tempering

13. Simulation of protein folding

14. Other methods of structural bioinformatics

http://web.vscht.cz/spiwokv/struktbio/

http://web.vscht.cz/spiwokv/struktbio/

Základy bioinformatiky

Essential Bioinformatics