Předmět "Molekulární modelování a simulace" seznamuje posluchače se základy modelování molekul (okrajově i jiných systémů mnoha částic) převážně metodami klasické mechaniky od konstrukce silového pole po metody molekulární dynamiky a Monte Carlo. Důraz je kladen na metodiku počítačového experimentu (pseudoexperimentu). Nedílnou součástí je práce na projektu, tj. simulace jednoduchého systému. K dispozici jsou česky psaná skripta i demonstrační software.

I. Nezbeda, J. Kolafa a M. Kotrla: Úvod do počítačových simulací. Metody Monte Carlo a molekulární dynamiky, skriptum University Karlovy (Karolinum, Praha 1998, 2003);

D. Frenkel a B. Smit: Understanding Molecular Simulation (Academic Press, 1996, 2002);

M. P. Allen a D. J. Tildesley: Computer Simulation of Liquids (Clarendon Press, Oxford 1986, 2002);

http://www.vscht.cz/fch/cz/pomucky/kolafa/molsim.pdf