|
|
|
||
Tento předmět naplňuje tři cíle: seznamuje studenty se základními bioinformatickými přístupy a nástroji pro analýzy nukleotidových a proteinových sekvencí a se zásadami kritické interpretace získaných výstupů; poskytuje přehled možností využití získaných informací pro řešení experimentálního úkolu a zároveň poskytuje detailnější vhled do praktických aspektů souvisejících metod molekulární biologie a proteomiky, jejichž teoretické základy si posluchači osvojovali v předchozím studiu.
Poslední úprava: TAJ320 (19.09.2013)
|
|
||
Studenti budou umět: Využívat volně přístupné bioinformatické nástroje a databáze nukleových kyselin a proteinů. Samostatně navrhnout strategii analýzy sekvencí a kriticky zhodnotit výsledky získané in silico a navrhnout cesty experimentálního potvrzení správnosti predikcí in silico. S využitím výsledků analýz nukleotidových a proteinových sekvencí navrhnout schůdné řešení molekulárně-biologického experimentu. Poslední úprava: TAJ320 (19.09.2013)
|
|
||
Z: Cvrčková F., Úvod do praktické bioinformatiky, Academia, 2006, 8020013601 D: Campbel A.M., Heyer L.J., Discovering genomics, proteomics and bioinformatics, CSHL Press, 0805347224 D: Wilkins M., et al., ed., Proteome Research: New Frontiers in Functional Genomics , Springer-Verlag, 1997, 3540627537 Poslední úprava: TAJ320 (19.09.2013)
|
|
||
1. Bioinformatika, platformy pro získávání informací a vzájemná propojení databází. 2. Databáze a programy pro analýzy sekvencí nukleových kyselin. 3. Predikce funkce genu, promotoru a regulačních elementů. 4. Návrh a praktické aspekty provedení PCR. 5. Centrální dogma naruby - strategie izolace kódující sekvence. 6. Praktické aspekty a volba metod analýzy DNA a DNA vazebných proteinů. 7. Praktické aspekty a volba metod analýzy RNA a porovnání hladin transkriptů genů. 8. Proteomické servery a databáze. Nástroje pro porovnání sekvencí proteinů. 9. Předpověď modifikací proteinů in silico a experimentální ověření predikce. 10. Sekundární struktura a hydrofobní profil proteinu. Predikce a experimentální ověření. 11. Kvartérní struktura proteinu a oligomerizační stav. Predikce a experimentální ověření. 12. Membránové proteiny. Určení lokalizace proteinu v biologické membráně, povrchové vlastnosti proteinů a detergentů. 13. Nativní stav proteinu. Lokalizace a interakce proteinu v buňce. 14. Práce s proteiny v laboratoři. Uchovávání a příprava vzorků pro běžné analýzy. Poslední úprava: TAJ320 (19.09.2013)
|
|
||
http://www.ncbi.nlm.nig.gov; http://www.ebi.ac.uk/Databases; http://www.expasy.org; http://www.uniprot.org; http://prosite.expasy.org Poslední úprava: TAJ320 (19.09.2013)
|
|
||
Molekulární biologie, Genové inženýrství Poslední úprava: TAJ320 (19.09.2013)
|
Zátěž studenta | ||||
Činnost | Kredity | Hodiny | ||
Konzultace s vyučujícími | 0.2 | 6 | ||
Obhajoba individuálního projektu | 0.1 | 2 | ||
Práce na individuálním projektu | 0.7 | 20 | ||
Účast na seminářích | 1 | 28 | ||
2 / 2 | 56 / 56 |
Hodnocení studenta | |
Forma | Váha |
Obhajoba individuálního projektu | 100 |