Zápočet: praktický projekt a protokol o jeho řešení

Zkouška: písemný test

A credit: a practical project + a protocol

An exam: a written test

Doporučená:

• Zvárová Jana, Mazura Ivan. Metody molekulární biologie a bioinformatiky. Praha: Karolinum, 2012, 343 s. ISBN 978-80-246-2150-0.
• Lesk, Arthur M.. Introduction to bioinformatics. : Oxford University Press, 2019, 432 s. ISBN 978-0198794141.
• Pevsner, Jonathan. Bioinformatics and functional genomics. : Blackwell Pub, 2015, 1160 s. ISBN 978-1-118-58178-0.

R:A. Lesk, Introduction to Bioinformatics, Oxford University Press 2014, ISBN 9780199651566

A:P. M. Selzer a kol., Applied Bioinformatics: An Introduction, Springer 2018, ISBN 3319682997

A:J. Pevsner, Bioinformatics and Functional Genomics, Wiley 2017, ISBN 9788126567683

Zápočet: praktický projekt

Zkouška: k přihlášení se na zkoušku je vyžadován zápočet, zkouška je formou písemného testu

Credit: practical project

Exam: a credit is required to register for the exam; the exam is in the form of a written test

1. Shrnutí buněčné biologie

2. Rekombinantní DNA technologie, mapy genomu, Sangerovo sekvenování

3. Mapování a sekvenování genomu, projekt lidského genomu

4. Párové zarovnání sekvencí – homologie a podobnost, základní principy zarovnání

5. Párové zarovnání sekvencí – skórování, substituční matice PAM a BLOSUM, bodový diagram (dot plot)

6. Vyhledávání v databázích sekvencí, BLAST

7. Vícenásobné zarovnání sekvencí – skórování a tvorba

8. Molekulárně-fylogenetická analýza – molekulární evoluce, fylogenetické stromy, evoluční modely, metody konstrukce fylogenetických stromů

9. Struktura biomakromolekul – Protein Data Bank, klasifikace proteinových struktur – SCOP a CATH

10. Predikce sekundární struktury proteinů

11. Predikce terciární struktury proteinů – homologní modelování, threading, *ab initio* metody, CASP

12. Struktura RNA a její predikce

1. Cell biology summary Soubor

2. DNA recombinant technology, genome maps, Sanger sequencing Soubor

3. Genome mapping and sequencing, human genome project

4. Pairwise sequence alignment - homology and similarity, basic principles of alignment

5. Pairwise sequence alignment - scoring, substitution matrices PAM and BLOSUM, dot plot

6. Searching in sequence databases, BLAST

7. Multiple sequence alignment - scoring and creation

8. Molecular phylogenetic analysis - molecular evolution, phylogenetic trees, models of evolution, methods of phylogenetic trees construction

9. Structure of biomacromolecules - Protein Databank, protein structure classification - SCOP and CATH

10. Prediction of the secondary protein structure

11. Prediction of the tertiary protein structure - homology modeling, threading, ab initio methods, CASP

12. RNA structure and its prediction

Přednáška (video i slidy) "Computational molecular biology" na Stanfordu: http://biochem218.stanford.edu/

Videokurs od Stevena Skieny "Introduction to Computational Biology" je zaměřen více na to, jak fungují bioinformatické algoritmy, než jak je používat: https://www3.cs.stonybrook.edu/~skiena/549/

Kniha "Applied Statistics for Bioinformatics using R", Wim P. Krijnen - http://cran.r-project.org/doc/contrib/Krijnen-IntroBioInfStatistics.pdf

Lecture (video and slides) "Computational molecular biology" at Stanfordu: http://biochem218.stanford.edu/

Videocourse from Steve Skiena "Introduction to Computational Biology" is focused more on how bioinformatics algorithms work than on how to use them.: https://www3.cs.stonybrook.edu/~skiena/549/

Book "Applied Statistics for Bioinformatics using R" by Wim P. Krijnen - http://cran.r-project.org/doc/contrib/Krijnen-IntroBioInfStatistics.pdf

Studenti budou umět:

Zvládat základní principy vyhodnocení podobnosti a homologie sekvencí nukleových kyselin a proteinů.

Zarovnávat sekvence nukleových kyselin a proteinů a vyhledávat je v sekvenčních databázích.

Provádět fylogenetickou analýzu a konstruovat fylogenetické stromy podchycující vztahy např. mezi různými organismy na základě analýzy sekvencí jejich DNA.

Porozumí základním principům výstavby a predikce strukury nukleových kyselin a proteinů.

Students will know:

Basics principles of the sequence similarity and homology.

Sequence alignment and sequence database searching.

Molecular phylogenetic analysis.

Nucleic acids and proteins structure and its prediction.

Molekulární biologie/genetika, Biochemie

Molecular Biology/Genetics, Biochemistry