Student po absolvování předmětu bude rozumět mikrobiální podstatě důležitých procesů probíhajících v životním prostředí za účelem udržení rovnováhy. Zároveň si osvojí teoretické i praktické znalosti a dovednosti v oblasti analýzy mikrobiální diversity, biodegradací a bioremediací.

Student will understand the basics of microbial processes happening in the environment in order to maintain equilibrium. In addition, students will acquire both theoretical and practical knowledge in the field of microbial diversity analyses.

Michael T. Madigan,‎ Kelly S. Bender,‎ Daniel H. Buckley,‎ W. Matthew Sattley,‎ David A. Stahl: Brock Biology of Microorganisms; Pearson 2017. ISBN-13: 978-0134261928, ISBN-10: 0134261925

Eugene L. Madsen: Environmental Microbiology: From Genomes to Biogeochemistry; John Wiley & Sons 2011. ISBN 1444357980, 9781444357981

Terry Gentry, Raina M. Maier, Ian L. Pepper, Charles P. Gerba: Environmental Microbiology; Academic Press 2008. ISBN 0123705193, 9780123705198.

Wen-Tso Liu, Janet K. Jansson: Environmental Molecular Microbiology; Horizon Scientific Press 2010. ISBN 1904455522, 9781904455523.

Michael T. Madigan,‎ Kelly S. Bender,‎ Daniel H. Buckley,‎ W. Matthew Sattley,‎ David A. Stahl: Brock Biology of Microorganisms; Pearson 2017. ISBN-13: 978-0134261928, ISBN-10: 0134261925

Eugene L. Madsen: Environmental Microbiology: From Genomes to Biogeochemistry; John Wiley & Sons 2011. ISBN 1444357980, 9781444357981

Terry Gentry, Raina M. Maier, Ian L. Pepper, Charles P. Gerba: Environmental Microbiology; Academic Press 2008. ISBN 0123705193, 9780123705198.

Wen-Tso Liu, Janet K. Jansson: Environmental Molecular Microbiology; Horizon Scientific Press 2010. ISBN 1904455522, 9781904455523.

http://www.nature.com/ismej/index.html

http://eu.wiley.com/WileyCDA/WileyTitle/productCd-EMI.html

http://aem.asm.org/

http://rdp.cme.msu.edu

http://umbbd.ethz.ch/

http://fungene.cme.msu.edu

http://www.nature.com/ismej/index.html

http://eu.wiley.com/WileyCDA/WileyTitle/productCd-EMI.html

http://aem.asm.org/

http://rdp.cme.msu.edu

http://umbbd.ethz.ch/

http://fungene.cme.msu.edu

1. Původ života, původ organických molekul, první buňka, teorie endosymbiózy.

2. Mikrobiální fylogenetika a rekonstrukce stromu života.

3.-4. Definice druhu, mikrobiální taxonomie, operační taxonomické jednotky.

5. Mikrobiální ekologie a funkční diverzita přirozených prostředí.

6. Ekologické niky, mikroprostředí.

7. Integrovaná genomika a post-genomické přístupy mikrobiální ekologie.

8.-9. Geomikrobiologie a role mikroorganizmů v geochemických cyklech.

10.-11. Aplikovaná mikrobiální ekologie a bioremediace.

12. Nové trendy v mikrobiální ekologii.

1. Origins of life, origin of organic molecules, first cell, endosymbiotic theories.

2. Microbial phylogenetics and recunstruction of tree of life.

3.-4. Definition of species, microbial taxonomy, operational taxonomic units.

5. Microbial ecology and functional diversity of natural habitats.

6. Ecological niches, microenvironments.

7. Integrated genomics and post-genomics approaches in microbial ecology.

8.-9. Geomicrobiology and microbial contributions to geochemical cycles.

10.-11. Applied microbial ecology and bioremediation.

12. New trends in microbial ecology.

Biochemie

Mikrobiologie

Biochemistry

Microbiology

Prezentace přehledného článku z oblasti mikrobiální ekologie

Ústní zkouška

Presentation of a review paper form the field of microbial ecology

Oral exam