|
|
|
||
Poslední úprava: Znamenáček Jiří Ing. (22.02.2018)
|
|
||
Poslední úprava: Znamenáček Jiří Ing. (22.02.2018)
Studenti budou umět: Používat běžně dostupné nástroje k řešení základních bioinformatických problémů. Rozumět principu nejdůležitějších programátorských postupů používaných v bioinformatice. Vyřešit základní bioinformatické problémy pomocí programovacího jazyka Python. |
|
||
Poslední úprava: Svozil Daniel prof. Mgr. Ph.D. (05.11.2018)
Z: Mareš, Martin; Valla, Tomáš: "Průvodce labyrintem algoritmů". CZ.NIC, 2017. ISBN 978-80-88168-22-5 Z: Pilgrim, Mark: "Ponořme se do Python(u) 3". CZ.NIC, 2011. ISBN 978-80-904248-2-1 Z: Zvárová J., Biomedicínská informatika V.- Metody molekulární biologie a bioinformatiky, Karolinum, 2013, ISBN: 9788024621500 Z: Jones, Neil C.; Pevzner, Pavel A.: "An Introduction to Bioinformatics Algorithms". The MIT Press, 2004. ISBN 978-0262101066 D: Wróblewski, Piotr: "Algoritmy". Computer Press, 2017. ISBN 978-80-251-4126 D: Libeskind-Hadas, Ran; Bush, Eliot: "Computing for Biologists: Python Programming and Principles". Cambridge University Press, 2014. ISBN 978-1107642188 D: Antao, Tiago: "Bioinformatics with Python Cookbook". Packt Publishing, 2015. ISBN 978-1782175117 D: Bassi, Sebastian: "Python for Bioinformatics". Chapman and Hall/CRC, 2009. ISBN 978-1584889298 D: Compeau, Phillip; Pevzner, Pavel: "Bioinformatics Algorithms: An Active Learning Approach". Active Learning Publishers, 2014. ISBN 978-0990374602 D: Stevens, Tim J.; Boucher, Wayne: "Python Programming for Biology: Bioinformatics and Beyond". Cambridge University Press, 2015. ISBN 978-0521720090 D: Haddock, Steven H.D.; Dunn, Casey W.: "Practical Computing for Biologists". Sinauer Associates, 2010. ISBN 978-0878933914 |
|
||
Poslední úprava: Znamenáček Jiří Ing. (14.02.2018)
webové stránky předmětu na http://vyuka.ookami.cz |
|
||
Poslední úprava: Znamenáček Jiří Ing. (14.02.2018)
Klasifikovaný zápočet: domácí úkoly |
|
||
Poslední úprava: Znamenáček Jiří Ing. (15.02.2018)
1-2. Hlavní bioinformatické formáty. 3-4. Náročnost algoritmů I. Rekurze a memoizace. Dynamické programování. 5-7. Jednoduché zarovnávání sekvencí. 8-9. Vícenásobné zarovnávání sekvencí. 10-12. Markovovy řetězce a modely. Skryté Markovovy modely. 13-14. Vyhledávání vzorů. |
|
||
Poslední úprava: Znamenáček Jiří Ing. (22.02.2018)
Předpokládá se znalost základů bioinformatiky a programování v jazyce Python. |
|
||
Poslední úprava: Znamenáček Jiří Ing. (14.02.2018)
Studenti získají klasifikovaný zápočet za vyřešení domácích úkolů. |
Zátěž studenta | ||||
Činnost | Kredity | Hodiny | ||
Příprava na přednášky, semináře, laboratoře, exkurzi nebo praxi | 1 | 28 | ||
Účast na seminářích | 1 | 28 | ||
2 / 2 | 56 / 56 |