|
|
|
||
Poslední úprava: Svozil Daniel prof. Mgr. Ph.D. (23.05.2018)
|
|
||
Poslední úprava: Svozil Daniel prof. Mgr. Ph.D. (23.05.2018)
Studenti budou umět:
|
|
||
Poslední úprava: Svozil Daniel prof. Mgr. Ph.D. (23.05.2018)
Z: V. Mäkinen, D. Belazzougui, F. Cunial, A.I. Tomescu: Genome-Scale Algorithm Design: Biological Sequence Analysis in the Era of High-Throughput Sequencing. Cambridge University Press, 2015. ISBN: 978-1107078536 Z: E. Ohlebusch: Bioinformatics Algorithms: Sequence Analysis, Genome Rearrangements, and Phylogenetic Reconstruction. Oldenbusch Verlag, 2013. ISBN: 978-3000413162 |
|
||
Poslední úprava: Svozil Daniel prof. Mgr. Ph.D. (23.05.2018)
Online materiály ke kursům |
|
||
Poslední úprava: Svozil Daniel prof. Mgr. Ph.D. (23.05.2018)
1. Algoritmy pro zarovnání více sekvencí I - skórovací systémy, dynamické programování 2. Algoritmy pro zarovnání více sekvencí II - heuristické algoritmy - metoda progresivní a metoda branch and bound 3. Algoritmy pro zarovnání readů 4. Sestavení genomu a řetězcové grafy 5. De Bruijnovy grafy a Eulerivská cesta. 6. Konstrukce de Bruijnových grafů. 7. Reprezentace de Bruijnových grafů. 8. Algoritmy pro scaffolding. 9. Komprese genomu I - založená na LZ 10. Komprese genomu II - založená na BWT 11. Analýza a porovnání genomů I - paměťově efektivní analýza genomů 12. Analýza a porovnání genomů II - porovnání genomů bez zarovnání 13. Poslední vývoj ve výpočetním zpracování genomu. 14. Shrnutí algoritmů výpočetní genomiky |
|
||
Poslední úprava: Svozil Daniel prof. Mgr. Ph.D. (23.05.2018)
Algoritmické myšlení |
|
||
Poslední úprava: Svozil Daniel prof. Mgr. Ph.D. (23.05.2018)
Zkouška sestává z písemného testu a ústní část |