The course introduces a multidisciplinary field of bioinformatics. Bioinformatics deals with the methods for storing, retrieving and analyzing biological data, such as nucleic acid (DNA/RNA) and protein sequence, structure, function, pathways and genetic interactions. Students will be introduced to the basic concepts of bioinformatics and computational biology. Hands-on sessions will familiarize students with the details and use of common online tools and resources.
Last update: ROZ143 (14.11.2012)
Tato přednáška seznámí studenty se základy bioinformatiky, což je multioborová disciplína kombinující počítačové vědy, statistiku a biologii. Bioinformatika se zabývá ukládáním, tříděním, vyhledáváním a především analýzou a interpretací rozsáhlých souborů biologických data. Mezi tato data patří např. sekvence nukleových kyselin a proteinů, jejich struktura, funkce či interakce. Studenti budou obeznámeni se základními koncepty bioinformatiky a nástroji výpočetní biologie. Na cvičeních bude pak demonstrováno použití a detaily bežně používaných online nástrojů a zdrojů.
Aim of the course -
Last update: SMIDOVAL (10.06.2013)
Students will know:
Basics principles of the sequence similarity and homology.
Sequence alignment and sequence database searching.
Molecular phylogenetic analysis.
Prediction of genes and their structure.
Analysis of DNA microarrays data.
Nucleic acids and proteins structure and its prediction.
Last update: SMIDOVAL (10.06.2013)
Studenti budou umět:
Zvládat základní principy vyhodnocení podobnosti a homologie sekvencí nukleových kyselin a proteinů.
Zarovnávat sekvence nukleových kyselin a proteinů a vyhledávat je v sekvenčních databázích.
Provádět fylogenetickou analýzu a konstruovat fylogenetické stromy podchycující vztahy např. mezi různými organismy na základě analýzy sekvencí jejich DNA.
Chápat principy predikce genů a jejich struktury a analyzovat transkriptomická data získaná pomocí DNA čipů.
Porozumí základním principům výstavby a predikce strukury nukleových kyselin a proteinů.
Literature -
Last update: TAJ143 (02.07.2013)
R:J. Xiong, Essential Bioinformatics, Cambridge University Press 2006, ISBN 0521600820
A:J.-M. Claverie, C. Notredame, Bioinformatics For Dummies, For Dummies 2006, ISBN 0470089857
A:M. Zvelebil, J. Baum, Understanding Bioinformatics, Garland Science 2007, ISBN 0815340249
Last update: ROZ143 (14.11.2012)
Z:F. Cvrčková, Úvod do praktické bioinformatiky, Academia Praha 2006, ISBN 8020013601
Z:J. Xiong, Essential Bioinformatics, Cambridge University Press 2006, ISBN 0521600820
D:J.-M. Claverie, C. Notredame, Bioinformatics For Dummies, For Dummies 2006, ISBN 0470089857
D:M. Zvelebil, J. Baum, Understanding Bioinformatics, Garland Science 2007, ISBN 0815340249
Learning resources -
Last update: Svozil Daniel prof. Mgr. Ph.D. (15.11.2012)
Online course materials at http://ich.vscht.cz/~svozil/teaching.html
Lecture (video and slides) "Computational molecular biology" at Stanfordu: http://biochem218.stanford.edu/
Videocourse "DNA/Protein Sequence Analysis" by Amy Denton at iTunes: https://itunes.apple.com/itunes-u/dna-protein-sequence-analysis/id472584215?mt=10
Videocourse "Skiena's Computational Biology Lectures" is focused on how the algorithms work than on how to use them: http://www.algorithm.cs.sunysb.edu/computationalbiology/
Book "Applied Statistics for Bioinformatics using R" by Wim P. Krijnen - http://cran.r-project.org/doc/contrib/Krijnen-IntroBioInfStatistics.pdf
Last update: Svozil Daniel prof. Mgr. Ph.D. (15.11.2012)
Online materiály k přednášce na http://ich.vscht.cz/~svozil/teaching.html
Přednáška (video i slidy) "Computational molecular biology" na Stanfordu: http://biochem218.stanford.edu/
Videokurs "DNA/Protein Sequence Analysis" od Amy Denton na iTunes: https://itunes.apple.com/itunes-u/dna-protein-sequence-analysis/id472584215?mt=10
Videokurs "Skiena's Computational Biology Lectures" je zaměřen více na to, jak fungují bioinformatické algoritmy než jak je používat: http://www.algorithm.cs.sunysb.edu/computationalbiology/
Kniha "Applied Statistics for Bioinformatics using R", Wim P. Krijnen - http://cran.r-project.org/doc/contrib/Krijnen-IntroBioInfStatistics.pdf
Requirements to the exam - Czech
Last update: Svozil Daniel prof. Mgr. Ph.D. (29.07.2011)
Zápočet: praktický projekt
Zkouška: písemný test
Syllabus -
Last update: ROZ143 (14.11.2012)
1. Genomics, genome mapping and sequencing, human genome project
2. Pairwise sequence alignment - homology and similarity, basic principles of alignment