PředmětyPředměty(verze: 861)
Předmět, akademický rok 2019/2020
  
Chemoinformatika - D143006
Anglický název: Chemoinformatics
Zajišťuje: Ústav informatiky a chemie (143)
Platnost: od 2016
Semestr: letní
Body: letní s.:0
E-Kredity: letní s.:0
Způsob provedení zkoušky: letní s.:
Rozsah, examinace: letní s.:2/2 Jiné [hodiny/týden]
Počet míst: neomezen / neomezen (neurčen)
Minimální obsazenost: neomezen
Jazyk výuky: čeština
Způsob výuky: prezenční
Úroveň:  
Pro druh:  
Poznámka: předmět je určen pouze pro doktorandy
student může plnit i v dalších letech
Garant: Svozil Daniel doc. Mgr. Ph.D.
Z//Je záměnnost pro: AP143001, P143001
Anotace -
Poslední úprava: Kubová Petra Ing. (03.11.2016)
Předmět pokrývá základní techniky správy a analýzy chemických dat v počítači včetně reprezentace 2D a 3D chemických struktur, vyhledávání v chemických databázích, popis algoritmů a aplikací jako např. shluková a diverzitní analýza, kvantitativní vztah mezi biologickou aktivitou a strukturou látky (QSAR), virtuální screening, prediktivní modelování a vytěžování znalostí z dat.
Výstupy studia předmětu -
Poslední úprava: Kubová Petra Ing. (03.11.2016)

Výstupy studia předmětu

Studenti budou umět:

Porozumí základům ukládání chemických dat v počítači

Osvojí si principy a algoritmy pro podstrukturní a podobnostní vyhledávání v chemických databázích

Porozumí principům budování chemických knihoven s požadovanými strukturními a chemicko-fyzikálními vlastnostmi

Aplikovat metody virtuálního screeningu pro prioritizaci chemických látek pro testování biologické aktivity

Literatura -
Poslední úprava: Kubová Petra Ing. (03.11.2016)

Literatura

Z: Leach A. R., An Introduction to Chemoinformatics, Springer, 2007, ISBN 1402062907

Sylabus -
Poslední úprava: Kubová Petra Ing. (03.11.2016)

1) Úvod do chemoinformatiky

2) Reprezentace 2D struktur v počítači, charakterizace 2D struktur pomocí deskriptorů a fingerprintů

3) Algoritmy pro 2D prohledávání chemických databází, reprezentace chemických reakcí

4) Chemické souborové formáty a SMARTS

5) Reprezentace a vizualizace 3D struktur, zarovnávní

6) Shluková a diversitní analýza

7) Kvantitativní vztah mezi biologickou aktivitou a strukturou látky (QSAR)

8) Virtuální screening

9) Prediktivní modelování

10) Dokování a skórování

11) Faramakoforové modelování

12) Vytěžování znalostí z biologických a chemických informací

13) Analýza HTS dat

14) Počítačový návrh léčiv založený na struktuře a na ligandech

 
VŠCHT Praha