Případové studie z bioinformatiky - M143006
Anglický název: Case Studies in Bioinformatics
Zajišťuje: Ústav informatiky a chemie (143)
Platnost: od 2019
Semestr: zimní
Body: zimní s.:3
E-Kredity: zimní s.:3
Způsob provedení zkoušky: zimní s.:
Rozsah, examinace: zimní s.:2/0 Zk [hodiny/týden]
Počet míst: neurčen / neurčen (neurčen)
Minimální obsazenost: neomezen
Jazyk výuky: čeština
Způsob výuky: prezenční
Úroveň:  
Pro druh: navazující magisterské
Poznámka: předmět je možno zapsat mimo plán
povolen pro zápis po webu
Garant: Svozil Daniel doc. Mgr. Ph.D.
Pačes Jan Mgr. Ph.D.
Záměnnost : N143051
Termíny zkoušek   
Anotace -
Poslední úprava: Hladíková Jana (04.01.2018)
Shrnující předmět, který postaví získané znalosti a dovednosti do patřičných souvislostí. Na zdokumentovaných dobře provedených experimentech budou přednášející demonstrovat využití jednotlivých metod a přístupů, které byly součástí předešlých předmětů a diskutovat efektivitu jednotlivých řešení.
Výstupy studia předmětu -
Poslední úprava: Hladíková Jana (04.01.2018)

Studenti budou umět:

  • získají přehled, jakým způsobem a za pomocí jakých algoritmů a programů jsou řešeny běžné vědecké projekty na příkladech reálných projektů na pracovištích jednotlivých přednášejících.
Literatura -
Poslední úprava: Svozil Daniel doc. Mgr. Ph.D. (04.11.2018)

Z: Zvárová J, Mazura I (eds.), Metody molekulární biologie a bioinformatiky, Karolinum, Praha 2013, ISBN: 978-8024621500

Z: Rodriguez-Ezpeleta N., Hackenberg M., Aransay A. M. (Eds.), Bioinformatics for High Throughput Sequencing, Springer 2012, ISBN 978-1-4614-0781-2

D: Cristianini N., Hahn W., Introduction to Computational Genomics. A case studies approach, Cambridge University Press 2012, ISBN: 978-0-521-67191-0

D: Brown S. M. (Ed.), Next-Generation DNA Sequencing Informatics, Cold Spring Harbor Laboratory Press 2012, ISBN: 978-1-936113-87-3

D: Hahne F., Huber W., Gentleman R., Falcon S., Bioconductor Case Studies, Springer 2008, ISBN: 978-0-387-77240-0

Studijní opory -
Poslední úprava: Hladíková Jana (04.01.2018)

žádné

Sylabus -
Poslední úprava: Hladíková Jana (04.01.2018)

1. Úvod

2. Assembly bakteriálního genomu - Achromobacter

3. Eukaryotický genomový projekt I - Mastigamoeba, sestavení z 454, Illumina a PacBio sekvencí

4. Eukaryotický genomový projekt II - repetice a jiné problémové úseky, evaluace sestavení

5. Eukaryotický genomový projekt III - predikce genů, anotace

6. RNA-Seq na známém genomu, expresní analýza

7. Explorativní RNA-Seq neznámých genomů - Cobitis

8. Expresní analýza nádorových tkání pomocí mikročipů

9. Metagenomika, analýza polutované spodní vody

10. Fylogenetická analýza epidemie SARS

11. Komparativní genomika, Burkholderia

12. Epigenetická analýza, melanomy

13. ENSEMBLE api

14. Genotypová analýza, porfýrie

Studijní prerekvizity -
Poslední úprava: Hladíková Jana (04.01.2018)

Biochemie, Molekulární genetika, Bioinformatika

Podmínky zakončení předmětu -
Poslední úprava: Svozil Daniel doc. Mgr. Ph.D. (26.01.2018)

Ústní zkouška.

Zátěž studenta
Činnost Kredity Hodiny
Účast na přednáškách 1 28
Příprava na přednášky, semináře, laboratoře, exkurzi nebo praxi 1 28
Příprava na zkoušku a její absolvování 1 28
3 / 3 84 / 84
Hodnocení studenta
Forma Váha
Ústní zkouška 100