PředmětyPředměty(verze: 838)
Předmět, akademický rok 2018/2019
  

Z důvodů aktualizace databázového systému bud o víkendu 15.12. - 16.12.  nedostupný studijní informační systém.

E-learning ( https://e-learning.vscht.cz ) bude fungovat, v případě výpadku pište na cis-support@vscht.cz

Děkujeme za pochopení,

Výpočetní centrum VŠCHT Praha

Případové studie z bioinformatiky - N143051
Anglický název: Case Studies in Bioinformatics
Zajišťuje: Laboratoř informatiky a chemie (143)
Platnost: od 2013
Semestr: zimní
Body: zimní s.:3
E-Kredity: zimní s.:3
Způsob provedení zkoušky: zimní s.:
Rozsah, examinace: zimní s.:2/0 Zk [hodiny/týden]
Počet míst: neurčen / neurčen (neurčen)
Minimální obsazenost: neomezen
Jazyk výuky: čeština
Způsob výuky: prezenční
Úroveň:  
Pro druh:  
Garant: Pačes Jan Mgr. Ph.D.
Pro tento předmět jsou dostupné online materiály
Anotace -
Poslední úprava: ROZ143 (12.06.2013)
Shrnující předmět, který postaví získané znalosti a dovednosti do patřičných souvislostí. Na zdokumentovaných dobře provedených experimentech budou přednášející demonstrovat využití jednotlivých metod a přístupů, které byly součástí předešlých předmětů a diskutovat efektivitu jednotlivých řešení.
Výstupy studia předmětu -
Poslední úprava: ROZ143 (09.08.2013)

Studenti budou umět:

  • získají přehled, jakým způsobem a za pomocí jakých algoritmů a programů jsou řešeny běžné vědecké projekty na příkladech reálných projektů na pracovištích jednotlivých přednášejících.
Literatura -
Poslední úprava: ROZ143 (12.06.2013)

Z: Rodriguez-Ezpeleta N., Hackenberg M., Aransay A. M. (Eds.), Bioinformatics for High Throughput Sequencing, Springer 2012, ISBN 978-1-4614-0781-2

Z: Cristianini N., Hahn W., Introduction to Computational Genomics. A case studies approach, Cambridge University Press 2012, ISBN: 978-0-521-67191-0

D: Brown S. M. (Ed.), Next-Generation DNA Sequencing Informatics, Cold Spring Harbor Laboratory Press 2012, ISBN: 978-1-936113-87-3

D: Hahne F., Huber W., Gentleman R., Falcon S., Bioconductor Case Studies, Springer 2008, ISBN: 978-0-387-77240-0

Studijní opory -
Poslední úprava: ROZ143 (09.08.2013)

žádné

Sylabus -
Poslední úprava: ROZ143 (09.08.2013)

1. Úvod

2. Assembly bakteriálního genomu - Achromobacter

3. Eukaryotický genomový projekt I - Mastigamoeba, sestavení z 454, Illumina a PacBio sekvencí

4. Eukaryotický genomový projekt II - repetice a jiné problémové úseky, evaluace sestavení

5. Eukaryotický genomový projekt III - predikce genů, anotace

6. RNA-Seq na známém genomu, expresní analýza

7. Explorativní RNA-Seq neznámých genomů - Cobitis

8. Expresní analýza nádorových tkání pomocí mikročipů

9. Metagenomika, analýza polutované spodní vody

10. Fylogenetická analýza epidemie SARS

11. Komparativní genomika, Burkholderia

12. Epigenetická analýza, melanomy

13. ENSEMBLE api

14. Genotypová analýza, porfýrie

Studijní prerekvizity -
Poslední úprava: ROZ143 (09.08.2013)

Biochemie, Molekulární genetika, Bioinformatika

Zátěž studenta
Činnost Kredity Hodiny
Účast na přednáškách 1 28
Příprava na přednášky, semináře, laboratoře, exkurzi nebo praxi 1 28
Příprava na zkoušku a její absolvování 1 28
3 / 3 84 / 84
Hodnocení studenta
Forma Váha
Ústní zkouška 100

 
VŠCHT Praha